MEB

DOI:10.18129 / B9.bioc.MEB

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见MEB．

最小封闭球(MEB)方法检测RNA-seq数据的差异表达基因

Bioconductor版本:3.10

识别同一或不同物种间的差异表达基因是生物学研究的迫切需求。在大多数情况下，标准化是解决这个问题的第一步，然后通过假设检验，我们可以检测到具有统计学意义的基因。随着机器学习技术的发展，它为区分差异表达(DE)和非差异表达(non-DE)基因提供了新的视角。如果提供一组训练数据，则可以将基因识别过程简化为分类问题。然而，在现实中，我们很难同时从DE和非DE基因中获得信息。为了解决这个问题，我们尝试只识别非de基因域的差异情况，并将问题转化为机器学习中的离群值检测。鉴于非DE基因在特征上具有一定的相似性，我们构建了一个最小封闭球(Minimum封闭性球)，将非DE基因覆盖在特征空间中，将与非DE基因差异较大的DE基因视为离群值，排斥在球外。与现有方法相比，MEB方法不需要提前对数据进行归一化处理。此外，MEB方法易于应用于相同或不同物种的数据，且不需要太大的变化。

作者:周燕，朱佳迪

维护者:朱佳地<2160090406 at email.szu.edu.cn>，周燕

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("MEB")

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文档

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超文本标记语言	R脚本	MEB教程
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细节

biocViews	分类，DifferentialExpression，GeneExpression，归一化，软件
版本	1.0.0
在Bioconductor	BioC 3.10 (R-3.6)(< 6个月)
许可证	GPL-2
取决于	R (>= 3.6.0)
进口	e1071，SummarizedExperiment
链接
建议	knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

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源包	MEB_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	MEB_1.0.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	MEB_1.0.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MEB
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/MEB
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/MEB/
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