桅杆
DOI:10.18129 / B9.bioc.MAST
此包适用于Bioconductor的3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见桅杆．
基于模型的单细胞转录组学分析
Bioconductor版本:3.10
处理零膨胀单细胞实验数据的方法和模型。
作者:Andrew McDavid [aut, cre]， Greg Finak [aut]， Masanao Yajima [aut]
维护者:Andrew McDavid
引用(从R中，输入引用(“桅杆”))：
安装
要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:
browseVignettes(“桅杆”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | MAST简介 |
| 超文本标记语言 | R脚本 | MAST和singlecellexperient派生包之间的互选性 |
| 超文本标记语言 | R脚本 | 利用MAST在MAIT细胞中进行筛选、差异表达和基因集富集 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | DifferentialExpression，GeneExpression，GeneSetEnrichment，RNASeq，SingleCell，软件，转录组 |
| 版本 | 1.12.0 |
| 在Bioconductor公司 | BioC 3.4 (R-3.3)(3.5年) |
| 许可证 | GPL (> = 2) |
| 取决于 | SingleCellExperiment(>= 1.2.0)， r (>= 3.5) |
| 进口 | Biobase，BiocGenerics，S4Vectors，data.table，ggplot2，plyr，stringr，abind方法，并行，reshape2， stats, stats4, graphics, utils，SummarizedExperiment(> = 1.5.3)更正,进步 |
| 链接 | |
| 建议 | knitr，rmarkdown，testthat，lme4(> = 1.0),blme，roxygen2(0 >),numDeriv，车，gdata，晶格，GGally，GSEABase，NMF，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，rsvd，limma，RColorBrewer，BiocStyle，嘘，DelayedArray，矩阵，HDF5Array |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/RGLab/MAST/ |
| BugReports | https://github.com/RGLab/MAST/issues |
| 全靠我 | |
| 进口我 | celaref，celda，singleCellTK |
| 建议我 | clusterExperiment |
| 给我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。
| 源包 | MAST_1.12.0.tar.gz |
| Windows二进制 | MAST_1.12.0.zip |
| Mac OS X 10.11 (El Capitan) | MAST_1.12.0.tgz |
| 源库 | git clone https://git.bioconductor.org/packages/MAST |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/MAST |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/MAST/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
