MACPET

DOI:10.18129 / B9.bioc.MACPET

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅MACPET。

基于模型的分析paired-end数据

Bioconductor版本:3.10

MACPET包可用于完成ChIA-PET数据交互分析。MACPET读取ChIA-PET BAM数据或山姆格式和数据分离到Self-ligated,内部,Inter-chromosomal宠物。此外,MACPET把基因组分为地区和适用于二维混合模型识别候选的峰值/绑定网站使用倾斜广义students-t分布(SGT)。它然后使用一个本地泊松模型寻找重要的结合位点。最后它运行一个添加剂互动分析模型要求重要的那些山峰之间的相互作用。MACPET主要是用c++编写的,它也支持BiocParallel包。

作者:Ioannis Vardaxis

维护人员:Ioannis Vardaxis < iova89 hotmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“MACPET”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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PDF	R脚本	MACPET
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	分类,聚类,DNA3DStructure,嗝,PeakDetection,软件,StatisticalMethod
版本	1.6.0
Bioconductor自	BioC 3.7 (r - 3.5)(2年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.6.1),InteractionSet(> = 1.13.0),bigmemory(> = 4.5.33),黑洞(> = 1.66.0.1),Rcpp(> = 1.0.1)
进口	时间间隔(> = 0.15.1),plyr(> = 1.8.4),Rsamtools(> = 2.1.3),数据(> = 3.6.1),跑龙套(> = 3.6.1)、方法(> = 3.6.1),GenomicRanges(> = 1.37.14),S4Vectors(> = 0.23.17),IRanges(> = 2.19.10),GenomeInfoDb(> = 1.21.1),gtools(> = 3.8.1),GenomicAlignments(> = 1.21.4),knitr(> = 1.23),rtracklayer(> = 1.45.1),BiocParallel(> = 1.19.0),Rbowtie(> = 1.25.0),GEOquery(> = 2.53.0),Biostrings(> = 2.53.2),ShortRead(> = 1.43.0),futile.logger(> = 3)
链接	Rcpp,bigmemory,黑洞
建议	ggplot2(> = 3.2.0),igraph(> = 1.2.4.1),rmarkdown(> = 1.14),reshape2(> = 3),BiocStyle(> = 2.13.2)
SystemRequirements	c++ 11
增强了
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取决于我
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	MACPET_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	MACPET_1.6.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	MACPET_1.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MACPET
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ MACPET
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/MACPET/
包下载报告	下载数据