LineagePulse

DOI:10.18129 / B9.bioc.LineagePulse

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本,请参见LineagePulse

单细胞RNA-seq数据的差异表达分析和模型拟合

Bioconductor版本:3.10

lineagpulse是为单细胞RNA-seq数据(scRNA-seq)量身定制的差分表达和表达模型拟合包。lineagpulse考虑了批处理效应、退出和可变测序深度。人们可以使用lineagpulse跨伪时间作为连续坐标或在离散的细胞组之间(例如预先定义的群集或实验条件)执行纵向差异表达分析。表达式模型拟合可以直接从lineagpulse中提取。

作者:David S Fischer [aut, cre], Fabian Theis [ctb], Nir Yosef [ctb]

维护者:David S Fischer < David。Fischer在helmholtz-muenchen.de>

引文(从R内,输入引用(“LineagePulse”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

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文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“LineagePulse”)

超文本标记语言 R脚本 LineagePulse
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews CellBasedAssaysCellBiologyDifferentialExpressionGeneExpressionImmunoOncology测序SingleCell软件StatisticalMethodTimeCourse
版本 1.6.0
在Bioconductor BioC 3.7 (R-3.5)(2年)
许可证 艺术- 2.0
取决于
进口 BiocParallelcirclize编译器,ComplexHeatmapggplot2gplots, grDevices,网格,knitr矩阵、方法、RColorBrewerSingleCellExperiment,样条,统计,SummarizedExperiment,跑龙套
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增强了
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BugReports https://github.com/YosefLab/LineagePulse/issues
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包档案

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源包 LineagePulse_1.6.0.tar.gz
Windows二进制 LineagePulse_1.6.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan) LineagePulse_1.6.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/LineagePulse
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ lineagpulse
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/LineagePulse/
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