LineagePulse

DOI:10.18129 / B9.bioc.LineagePulse

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见LineagePulse．

单细胞RNA-seq数据的差异表达分析和模型拟合

Bioconductor版本:3.10

lineagpulse是为单细胞RNA-seq数据(scRNA-seq)量身定制的差分表达和表达模型拟合包。lineagpulse考虑了批处理效应、退出和可变测序深度。人们可以使用lineagpulse跨伪时间作为连续坐标或在离散的细胞组之间(例如预先定义的群集或实验条件)执行纵向差异表达分析。表达式模型拟合可以直接从lineagpulse中提取。

作者:David S Fischer [aut, cre]， Fabian Theis [ctb]， Nir Yosef [ctb]

维护者:David S Fischer < David。Fischer在helmholtz-muenchen.de>

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“LineagePulse”)

超文本标记语言	R脚本	LineagePulse
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CellBasedAssays，CellBiology，DifferentialExpression，GeneExpression，ImmunoOncology，测序，SingleCell，软件，StatisticalMethod，TimeCourse
版本	1.6.0
在Bioconductor	BioC 3.7 (R-3.5)(2年)
许可证	艺术- 2.0
取决于
进口	BiocParallel，circlize编译器,ComplexHeatmap，ggplot2，gplots， grDevices，网格，knitr，矩阵、方法、RColorBrewer，SingleCellExperiment，样条，统计，SummarizedExperiment,跑龙套
链接
建议
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/YosefLab/LineagePulse/issues
全靠我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	LineagePulse_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	LineagePulse_1.6.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	LineagePulse_1.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/LineagePulse
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ lineagpulse
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/LineagePulse/
软件包下载报告	下载数据