KnowSeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.KnowSeq

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见KnowSeq．

一个R包，通过使用RNA-seq原始文件提取知识

Bioconductor版本:3.10

KnowSeq提出了一个完整的管道，包括RNA-seq基因表达分析中最相关的步骤，主要目标是从原始数据中提取生物学知识(差异表达基因，基因本体丰富，途径可视化和相关疾病)。在这个意义上，KnowSeq允许对齐原始fastq或sra文件的原始数据，通过使用最著名的对齐器，如tophat2, hisat2, salmon和kallisto。现在，没有一个包可以只从样本的信息中进行对齐(包含在文本文件中)，自动执行所有样本的下载和对齐。此外，该软件包还包括以下功能:计算基因表达值;去除批次效应;计算差异表达基因(DEGs);绘制不同的图表;并利用GO信息进行DEGs富集、路径可视化和相关疾病信息检索。此外，KnowSeq是唯一允许在提取DEGs后同时应用机器学习和DEGs富集过程的包。这一想法的出现是为了向研究界提出一个完整的工具，其中包含以简单和快速的方式进行完整研究的所有必要步骤。

作者:Daniel Castillo-Secilla, Juan Manuel Galvez, Francisco Manuel Ortuno, Luis Javier Herrera和Ignacio Rojas。

维护者:Daniel Castillo Secilla

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“KnowSeq”)

PDF	R脚本	KnowSeq用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐，BatchEffect，分类，DataImport，DifferentialExpression，FeatureExtraction，去，GeneExpression，GeneSetEnrichment，遗传学，GraphAndNetwork，代谢组学，微阵列，MultipleComparison，归一化，通路，预处理，蛋白质组学，质量控制，RNASeq，测序，软件，SystemsBiology，转录组
版本	1.0.0
在Bioconductor	BioC 3.10 (R-3.6)(< 6个月)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (>= 3.6.0)，quantreg，mclust，topGO(> = 2.34.0)
进口	stringr，factoextra，kernlab，ggplot2，reshape2，gplots，脱字符号，RCurl，XML，类，标明的，R.utils，e1071，randomForest，httr，jsonlite，股东价值分析(> = 3.30.1),cqn(> = 1.28.1),刨边机(> = 3.24.3),biomaRt(> = 2.38.0),limma(> = 3.38.3),arrayQualityMetrics(> = 3.38.0),tximport(> = 1.10.1),tximportData(> = 1.10.0),rhdf5(> = 2.26.2),Biobase，乘，pathview(>= 1.22.3)， grDevices，图形，统计，utils
链接
建议	knitr
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	KnowSeq_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	KnowSeq_1.0.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	KnowSeq_1.0.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/KnowSeq
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/KnowSeq
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/KnowSeq/
软件包下载报告	下载数据