KEGGlincs

DOI:10.18129 / B9.bioc.KEGGlincs

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅KEGGlincs。

想象中的所有边缘KEGG通路和覆盖距离数据

Bioconductor版本:3.10

看看是怎么回事的引擎盖下面KEGG通路通过显式地重建信息从KGML获得文件的路径映射。

作者:Shana白

维护者:马里奥Medvedovic Shana白< vandersm mail.uc.edu >, < medvedm ucmail.uc.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“KEGGlincs”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“KEGGlincs”)

HTML	R脚本	KEGGlincs工作流
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文本		新闻

细节

biocViews	CellBiology,DataRepresentation,GeneExpression,GraphAndNetwork,KEGG,网络,NetworkInference,通路,软件,ThirdPartyClient
版本	1.12.0
Bioconductor自	BioC 3.4 (r - 3.3)(3.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.3),KOdata,hgu133a.db,org.Hs.eg.db(> = 3.3.0)
进口	AnnotationDbi,KEGGgraph,igraph,plyr,gtools,httr,RJSONIO,KEGGREST、方法、图形数据,跑龙套,XML,grDevices
链接
建议	BiocManager(> = 1.20.3),knitr,图
SystemRequirements	Cytoscape (> = 3.3.0), Java (> = 8)
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	KEGGlincs_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	KEGGlincs_1.12.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	KEGGlincs_1.12.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/KEGGlincs
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ KEGGlincs
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/KEGGlincs/
包下载报告	下载数据