KEGGgraph

DOI:10.18129 / B9.bioc.KEGGgraph

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅KEGGgraph。

KEGGgraph:图方法在R和Bioconductor KEGG通路

Bioconductor版本:3.10

KEGGGraph KEGG通路之间的接口和图形对象以及一组工具来分析,剖析这些图形和可视化。它解析定期更新KGML (KEGG XML)文件到图模型属性维护所有必要的途径。包提供的功能包括解析、图形操作、可视化等。

作者:大卫•张Jitao保罗·香农的输入

维修工:Jitao大卫张< jitao_david。张在roche.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“KEGGgraph”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“KEGGgraph”)

PDF	R脚本	KEGGgraph:应用实例
PDF	R脚本	KEGGgraph: KEGG通路图方法
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GraphAndNetwork,KEGG,通路,软件,可视化
版本	1.46.0
Bioconductor自	BioC 2.4 (r - 2.9)(11年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 2.10.0)
进口	方法,XML(2.3 > = 0),图跑龙套,RCurl
链接
建议	Rgraphviz,RBGL,testthat,RColorBrewer,KEGG.db,org.Hs.eg.db,hgu133plus2.db,SPIA
SystemRequirements
增强了
URL	http://www.nextbiomotif.com
取决于我	ROntoTools,SPIA
进口我	限幅器,DEGraph,EnrichmentBrowser,KEGGlincs,MAGeCKFlute,MetaboSignal,MWASTools,NCIgraph,pathview
建议我	DEGraph,GenomicRanges
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	KEGGgraph_1.46.0.tar.gz
Windows二进制	KEGGgraph_1.46.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	KEGGgraph_1.46.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/KEGGgraph
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ KEGGgraph
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/KEGGgraph/
包下载报告	下载数据