IsoGeneGUI

DOI:10.18129 / B9.bioc.IsoGeneGUI

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见IsoGeneGUI．

对微阵列数据进行剂量反应分析的图形用户界面

Bioconductor版本:3.10

IsoGene图形用户界面(IsoGene- gui)是IsoGene软件包的一个用户友好的界面，旨在识别表达水平随剂量增加而呈现单调趋势的基因。此外，原始包的GUI扩展包含各种工具来执行剂量-反应分布的聚类。通过几种检验统计量进行检验:全局似然比检验(E2)， Bartholomew 1961年，Barlow等人1972年和Robertson等人1988年)，Williams(1971年，1972年)，Marcus(1976年)，M (Hu等人2005年)和修正M (Lin等人2007年)。全局似然比检验(E2)的p值是使用精确的分布和排列得到的。其他四个测试统计值是使用排列获得的。提供了几种p值调整:Bonferroni, Holm (1979)， Hochberg(1988)和Sidak程序用于控制家庭型I错误率(FWER)， BH (Benjamini和Hochberg 1995)和BY (Benjamini和Yekutieli 2001)程序用于控制FDR。推理基于重采样方法，该方法控制了排列(Ge等人，2003年)和微阵列显著性分析(SAM, Tusher等人，2001年)的错误发现率(FDR)。聚类方法是从CRAN包ORCME, ORIClust中外包的。包ORCME基于delta-聚类方法(Cheng and Church, 2000)和基于Order Restricted Information Criterion的ORIClust (Liu et al.， 2009)，两者执行相同的任务，但视角不同，输出的是基因簇。此外，IsoGene-GUI还包括基于包goric的Generalized ORIC (Kuiper et al.， 2014)对给定基因的剖面选择和基于包orQA对E2的置换测试。 None of these four packages has GUI.

作者:Setia Pramana, Dan Lin, Philippe Haldermans, Tobias Verbeke, Martin Otava

维护者:Setia Pramana < Setia。Pramana在ki.se>

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("IsoGeneGUI")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“IsoGeneGUI”)

PDF	R脚本	IsoGeneGUI装饰图案
PDF		参考手册

细节

biocViews	DifferentialExpression，GUI，微阵列，软件
版本	2.22.0
在Bioconductor	BioC 2.7 (R-2.12)(9.5年)
许可证	GPL-2
取决于	tcltk,xlsx
进口	Rcpp，tkrplot，乘，relimp，geneplotter，RColorBrewer，Iso，IsoGene，ORCME，ORIClust，orQA，goric，ff，Biobase，jpeg
链接
建议	RUnit
SystemRequirements
增强了
URL	http://ibiostat.be/online-resources/online-resources/isogenegui/isogenegui-package
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	IsoGeneGUI_2.22.0.tar.gz
Windows二进制	IsoGeneGUI_2.22.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	IsoGeneGUI_2.22.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/IsoGeneGUI
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/IsoGeneGUI
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/IsoGeneGUI/
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