InterMineR

DOI:10.18129 / B9.bioc.InterMineR

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅InterMineR。

R与InterMine-Powered数据库接口

Bioconductor版本:3.10

数据库基于InterMine平台如FlyMine modMine (modENCODE) RatMine, YeastMine, HumanMine和TargetMine集成数据库的基因,表达和蛋白质为各种生物数据。集成数据可以运行复杂的数据挖掘查询跨域的生物知识。这个R包提供了与这些数据库通过web服务接口。它使大多数的通信数据帧对象在R和表对象数据库,而隐藏的细节通过XML或JSON数据交换。

作者:宾王,朱莉·沙利文雷切尔•莱恩康斯坦Kyritsis

维护人员:InterMine团队< r。•莱恩在gen.cam.ac.uk >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“InterMineR”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“InterMineR”)

HTML	R脚本	富集分析和可视化
HTML	R脚本	FlyMine基因组可视化
HTML	R脚本	InterMineR装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	AlternativeSplicing,ComparativeGenomics,DifferentialExpression,FunctionalGenomics,FunctionalPrediction,去,GeneExpression,GeneRegulation,GeneSetEnrichment,GenomeAnnotation,GenomeWideAssociation,KEGG,微阵列,MultipleComparison,通路,蛋白质组学,Reactome,单核苷酸多态性,软件,SystemsBiology,可视化
版本	1.8.1
Bioconductor自	BioC 3.6 (r - 3.4)(2.5年)
许可证	LGPL
取决于	R (> = 3.4.1)
进口	Biostrings,RCurl,XML,xml2,RJSONIO,sqldf,igraph,httr,S4Vectors,IRanges,GenomicRanges,SummarizedExperiment、方法
链接
建议	BiocStyle,Gviz,knitr,rmarkdown,GeneAnswers,GO.db,org.Hs.eg.db
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/intermine/intermineR/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	InterMineR_1.8.1.tar.gz
Windows二进制	InterMineR_1.8.1.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	InterMineR_1.8.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/InterMineR
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ InterMineR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/InterMineR/
包下载报告	下载数据