InTAD

DOI:10.18129 / B9.bioc.InTAD

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅InTAD。

寻找在TADs表观遗传信号和基因表达之间的相关性

Bioconductor版本:3.10

包是集中在检测基因表达之间的相关性和选择外遗传性信号即增强剂从ChIP-seq获得数据拓扑关联域内(TADs)。各种参数可以控制调查外部因素的影响和可视化的土地可供每个分析步骤。

作者:康斯坦丁·Okonechnikov, Serap Erkek,卢卡斯查韦斯

维护人员:康斯坦丁Okonechnikov < k。在gmail.com okonechnikov >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“InTAD”)

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HTML	R脚本	在TADs表观遗传信号和基因的相关性
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文本		新闻

细节

biocViews	ChIPSeq,表观遗传学,GeneExpression,嗝,ImmunoOncology,RNASeq,测序,软件
版本	1.6.0
Bioconductor自	BioC 3.7 (r - 3.5)(2年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R(> = 3.5),方法,S4Vectors,IRanges,GenomicRanges,MultiAssayExperiment,SummarizedExperiment,统计数据
进口	BiocGenerics,Biobase,rtracklayer、并行、图形mclust,qvalue,ggplot2跑龙套,ggpubr
链接
建议	testthat,BiocStyle,knitr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	InTAD_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	InTAD_1.6.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	InTAD_1.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/InTAD
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ InTAD
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/InTAD/
包下载报告	下载数据