InTAD

DOI:10.18129 / B9.bioc.InTAD

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅InTAD

寻找在TADs表观遗传信号和基因表达之间的相关性

Bioconductor版本:3.10

包是集中在检测基因表达之间的相关性和选择外遗传性信号即增强剂从ChIP-seq获得数据拓扑关联域内(TADs)。各种参数可以控制调查外部因素的影响和可视化的土地可供每个分析步骤。

作者:康斯坦丁·Okonechnikov, Serap Erkek,卢卡斯查韦斯

维护人员:康斯坦丁Okonechnikov < k。在gmail.com okonechnikov >

从内部引用(R,回车引用(“InTAD”)):

安装

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如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“InTAD”)

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细节

biocViews ChIPSeq,表观遗传学,GeneExpression,,ImmunoOncology,RNASeq,测序,软件
版本 1.6.0
Bioconductor自 BioC 3.7 (r - 3.5)(2年)
许可证 GPL (> = 2)
取决于 R(> = 3.5),方法,S4Vectors,IRanges,GenomicRanges,MultiAssayExperiment,SummarizedExperiment,统计数据
进口 BiocGenerics,Biobase,rtracklayer、并行、图形mclust,qvalue,ggplot2跑龙套,ggpubr
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建议 testthat,BiocStyle,knitr,rmarkdown
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包档案

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源包 InTAD_1.6.0.tar.gz
Windows二进制 InTAD_1.6.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦) InTAD_1.6.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/InTAD
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ InTAD
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/InTAD/
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