InPAS

DOI:10.18129 / B9.bioc.InPAS

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅InPAS。

InPAS: bioconductor方案替代聚腺苷酸化小说网站的识别(PAS)使用RNA-seq数据

Bioconductor版本:3.10

可变聚腺苷酸化(APA)是一种重要的转录后调控机制发生在大多数人类基因。InPAS有助于发现小说APA网站和微分APA网站从RNA-Seq数据的使用。它利用cleanUpdTSeq微调了APA网站通过消除由于internal-priming虚假网站。

作者:Jianhong Ou, Sungmi m .公园,迈克尔·r·格林和丽华朱莉朱

维护人员:Jianhong Ou <,或者在duke.edu >、丽华朱莉朱<朱莉。朱:umassmed.edu >

安装

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如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“InPAS”)

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细节

biocViews	AlternativeSplicing,报道,DifferentialSplicing,GeneRegulation,ImmunoOncology,RNASeq,测序,软件,转录
版本	1.18.0
Bioconductor自	BioC 3.1 (r - 3.2)(5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R(> = 3.1),方法,Biobase,GenomicRanges,GenomicFeatures,S4Vectors
进口	AnnotationDbi,BSgenome,cleanUpdTSeq,Gviz,seqinr,preprocessCore,IRanges,GenomeInfoDb,depmixS4,limma,BiocParallel
链接
建议	RUnit,BiocGenerics,BiocStyle,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10,org.Hs.eg.db,org.Mm.eg.db,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene,rtracklayer,knitr
SystemRequirements
增强了
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进口我
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包档案

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源包	InPAS_1.18.0.tar.gz
Windows二进制	InPAS_1.18.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	InPAS_1.18.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/InPAS
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ InPAS
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/InPAS/
包下载报告	下载数据