ImpulseDE

DOI:10.18129 / B9.bioc.ImpulseDE

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅ImpulseDE。

检测基因在使用脉冲时间序列数据模型

Bioconductor版本:3.10

ImpulseDE适合捕获单一impulse-like模式在高吞吐量时间序列数据集。通过拟合每个基因代表脉冲模型,它报告是否在一个时间点的差异表达基因实验或两个时间从两个实验课程。为了优化运行时间,利用聚类步骤和多线程的代码。

作者:吉尔•桑达(aut (cre)近红外光谱Yosef (aut)

维护人员:吉尔•桑达<吉尔。桑德uni-bonn.de >, Nir Yosef < niryosef berkeley.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“ImpulseDE”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“ImpulseDE”)

PDF	R脚本	ImpulseDE
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	软件,StatisticalMethod,TimeCourse
版本	1.12.0
Bioconductor自	BioC 3.4 (r - 3.3)(3.5年)
许可证	GPL-3
取决于	图形、grDevices统计,跑龙套,平行,编译器,R (> = 3.2.3)
进口	北极监测和评估方案,引导
链接
建议	纵向,knitr
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/YosefLab/ImpulseDE
BugReports	https://github.com/YosefLab/ImpulseDE/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	ImpulseDE_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	ImpulseDE_1.12.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	ImpulseDE_1.12.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ImpulseDE
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ImpulseDE
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ImpulseDE/
包下载报告	下载数据