HiTC

DOI:10.18129 / B9.bioc.HiTC

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅HiTC。

高吞吐量染色体构象捕获分析

Bioconductor版本:3.10

类似的HiTC包开发探索大规模“C”数据,如5 C或高C。专用R类以及质量控制的标准方法,标准化,可视化,同时还提供了进一步的分析。

作者:尼古拉斯的仆人

维护人员:尼古拉斯仆人<尼古拉斯。仆人在curie.fr >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(类似“HiTC”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes(类似“HiTC”)

PDF	R脚本	类似使用HiTC高c数据分析
PDF	R脚本	类似介绍HiTC包
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	嗝,HighThroughputSequencing,测序,软件
版本	1.30.0
Bioconductor自	BioC 2.10 (r - 2.15)(8年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(> = 2.15.0)、方法IRanges,GenomicRanges
进口	Biostrings、图形、grDevicesrtracklayer,RColorBrewer,矩阵平行,GenomeInfoDb
链接
建议	BiocStyle,HiCDataHumanIMR90
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我	HiCDataHumanIMR90
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	HiTC_1.30.0.tar.gz
Windows二进制	HiTC_1.30.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	HiTC_1.30.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/HiTC
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:类似包/ HiTC
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/HiTC/
包下载报告	下载数据