htseqgenie
doi：10.18129/b9.bioc.htseqgenie
此软件包适用于生物导体的3.10版；对于稳定的最新版本，请参阅htseqgenie。
NGS分析管道。
生物导体版本：3.10
进行NGS分析的库。
作者：Gregoire Pau，Jens Reeder
维护者：Jens Reeder
引用（从r内，输入引用（“ htseqgenie”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.6”）并输入：
if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ htseqgenie”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
browsevignettes（“ htseqgenie”）
| R脚本 | htseqgenie | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | 软件 |
| 版本 | 4.16.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 2.11（R-2.15）（7。5年） |
| 执照 | 艺术2.0 |
| 要看 | r（> = 3.0.0），GMAPR（> = 1.8.0），Shortread（> = 1.19.13），变体（> = 1.8.3） |
| 进口 | 生物基因（> = 0.2.0），S4VECTORS（> = 0.9.25），iranges（> = 1.21.39），基因组机（> = 1.23.21），rsamtools（> = 1.8.5），生物弦（> = 2.24.1），chipseq（> = 1.6.1），HWRITER（> = 1.3.0），开罗（> = 1.5.5），GenomicFeatures（> = 1.9.31），生物比较，并行，工具，rtracklayer（> = 1.17.19），基因组签名，，，，变体工具（> = 1.7.7），GenomeInfodB，，，，总结性特征， 方法 |
| 链接 | |
| 建议 | txdb.hsapiens.ucsc.hg19，，，，肺部，，，，org.hs.eg.db |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | htseqgenie_4.16.0.tar.gz |
| Windows二进制 | |
| Mac OS X 10.11（El Capitan） | |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/htseqgenie |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：packages/htseqgenie |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/htseqgenie/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
