HTSanalyzeR

DOI:10.18129 / B9.bioc.HTSanalyzeR

这个包是弃用。它可能会从生物导体上移除。请参阅包临终的指导方针为更多的信息。

这个包是用于Bioconductor 3.10版本的。这个包裹已经从生物导体上取走了。有关最后一个稳定的、最新的发布版本，请参阅HTSanalyzeR。

用于高通量筛选的基因集过表示、富集和网络分析

Bioconductor版本:3.10

这个包提供了类和方法的基因集过表示，丰富和网络分析的高通量屏幕。在超几何检验的基础上进行过表示分析。富集分析是基于GSEA算法(Subramanian等。PNAS 2005)。网络分析基于生物网络包的算法识别丰富的子网(Beisser等人，生物信息学2010年)。还专门为cellHTS2对象设计了一个管道，用于进行高通量RNA干扰筛选的综合网络分析。用户可以基于这个包为自己的数据集构建自己的分析管道。

作者:Xin Wang ， Camille Terfve ，John C. Rose ，Florian Markowetz

维护人员:xinwang

安装

要安装这个包，启动R(版本"3.6")，并输入:

如果(!require ("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("HTSanalyzeR")

对于旧版本的R，请参阅适当的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的这个包的版本文档，启动R并输入:

browseVignettes(“HTSanalyzeR”)

PDF	R脚本	主要简介:使用HTSanalyzeR对高通量RNAi筛选数据进行基因集富集和网络分析
PDF		参考手册

细节

biocViews	CellBasedAssays,ImmunoOncology,MultipleComparison,软件
版本	2.38.0
Bioconductor自	BioC 2.7 (R-2.12)(9.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 2.15),igraph、方法
进口	图,igraph,GSEABase,生命网络,cellHTS2,AnnotationDbi,biomaRt,RankProd
链接
建议	KEGG.db,GO.db,org.Dm.eg.db,GOstats,org.Ce.eg.db,org.Mm.eg.db,org.Rn.eg.db,org.Hs.eg.db,雪
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我	Mulder2012,phenoTest
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在你的R会话中使用这个包的说明。

源包	HTSanalyzeR_2.38.0.tar.gz
Windows二进制	HTSanalyzeR_2.38.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	HTSanalyzeR_2.38.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/HTSanalyzeR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ HTSanalyzeR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/HTSanalyzeR/
包下载报告	下载数据