Gviz

DOI:10.18129 / B9.bioc.Gviz

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本,请参见Gviz

沿着基因组坐标绘制数据和注释信息

Bioconductor版本:3.10

基因组数据分析需要已知基因组信息和新的实验数据的集成可视化。Gviz使用biomaRt和rtracklayer包对Ensembl和UCSC执行实时注释查询,并将其转换为网格图形包的视口中的基因/转录本结构。这将导致基因组信息与您的数据一起绘制。

作者:Florian Hahne [aut], Steffen Durinck [aut], Robert Ivanek [aut, cre], Arne Mueller [aut], Steve Lianoglou [aut], Ge Tan [aut], Lance Parsons [aut], Shraddha Pai [aut]

维护者:Robert Ivanek < Robert。Ivanek在unibase .ch>

引文(从R内,输入引用(“Gviz”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“Gviz”)

超文本标记语言 R脚本 Gviz用户指南
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 微阵列测序软件可视化
版本 1.30.3
在Bioconductor BioC 2.10 (R-2.15)(8年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R(>= 2.10.0),方法,S4Vectors(> = 0.9.25),IRanges(> = 1.99.18),GenomicRanges(>= 1.17.20),网格
进口 XVector(> = 0.5.7),rtracklayer(> = 1.25.13),晶格RColorBrewerbiomaRt(> = 2.11.0),AnnotationDbi(> = 1.27.5),Biobase(> = 2.15.3),GenomicFeatures(> = 1.17.22),BSgenome(> = 1.33.1),Biostrings(> = 2.33.11),biovizBase(> = 1.13.8),Rsamtools(> = 1.17.28),latticeExtra-26年(> = 0.6),matrixStats(> = 0.8.14),GenomicAlignments(> = 1.1.16),GenomeInfoDb(> = 1.1.3),BiocGenerics(> = 0.11.3),消化(> = 0.6.8)
链接
建议 BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19BiocStyleknitrrmarkdowntestthat
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/ivanek/Gviz
BugReports https://github.com/ivanek/Gviz/issues
全靠我 biomvRCNSchimeraviz西塞罗彗星腰带DMRforPairsmethylationArrayAnalysisPbasePvizrnaseqGene
进口我 AllelicImbalance阿尔卑斯山脉ASpediaFIASpliCAGEfightRDMRcateDMRcatedata埃尔默GeneStructureToolsGenomicInteractionsGGtoolsInPAS微波激射器mCSEAmethyAnalysismethylPipemotifbreakRπprimirTSSRNAmodRRNAmodR。AlkAnilineSeqRNAmodR。RiboMethSeq分裂srnadiff斯坦trackViewerTVTBVariantFiltering
建议我 annmapCAGEWorkflowcellbaseRchipseqDBcnCNVRangercsawUsersGuide位深蓝ensembldbGenomicRangesgwascatinteractiveDisplayInterMineRpqsfinderQuasRRnBeadsSingle.mTEC.TranscriptomesSplicingGraphsTFutilsTxRegInfra
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 Gviz_1.30.3.tar.gz
Windows二进制 Gviz_1.30.3.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan) Gviz_1.30.3.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Gviz
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/Gviz
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/Gviz/
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  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网