Genogam

doi:10.18129/b9.bioc.genogam

此软件包适用于生物导体的3.10版;对于稳定的最新版本,请参阅Genogam

基于GAM的芯片序列数据的框架

生物导体版本:3.10

该软件包允许使用R-PAKEAGE“ MGCV”的实现,对全基因组数据进行统计分析,并使用普通的加法模型进行统计分析。它提供了对CHIP-SEQ数据的统计分析的方法,包括推断蛋白质占用率,以及尖锐的和区域差分分析。分散和平滑参数的估计是通过交叉验证执行的。通过在重叠的基因组间隔内并行化,可以平行化整个染色体的广义加性模型拟合。

作者:Georg Stricker [AUT,CRE],Alexander Engelhardt [aut],Julien Gagneur [aut]

维护者:georg stricker

引用(从r内,输入引用(“ Genogam”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.6”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ genogam”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“ Genogam”)

html R脚本 用Genogam 2.0建模芯片序列数据:全基因组广义添加剂模型
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 chipseq,,,,芯片奇普,,,,差异性,,,,差异词,,,,表观遗传学,,,,遗传学,,,,免疫学,,,,回归,,,,软件,,,,全媒体
版本 2.4.0
在生物导体中 Bioc 3.3(R-3.3)(4年)
执照 GPL-2
要看 r(> = 3.5),总结性特征(> = 1.1.19),HDF5Array(> = 1.8.0),RHDF5(> = 2.21.6),S4VECTORS(> = 0.23.18),矩阵(> = 1.2-8),Data.Table(> = 1.9.4)
进口 RCPP(> = 0.12.14),稀疏(> = 0.1.1),rsamtools(> = 1.18.2),基因组机(> = 1.23.16),生物比较(> = 1.5.17),deseq2(> = 1.11.23),徒劳(> = 1.4.1),GenomeInfodB(> = 1.7.6),基因组签名(> = 1.7.17),iranges(> = 2.5.30),生物弦(> = 2.39.14),延迟(> = 0.3.19),方法,统计
链接 RCPP,,,,rcpparmadillo
建议 生物使用,,,,chipseq(> = 1.21.2),LSD(> = 3.0.0),GeneFilter(> = 1.54.2),GGPLOT2(> = 2.1.0),测试,,,,尼特,,,,rmarkDown
系统要求
增强
URL https://github.com/gstricker/genogam
BugReports https://github.com/gstricker/genogam/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

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源包 genogam_2.4.0.tar.gz
Windows二进制 genogam_2.4.0.zip(32-和64位)
Mac OS X 10.11(El Capitan) genogam_2.4.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/genogam
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/genogam
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/genogam/
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