Genogam

doi：10.18129/b9.bioc.genogam

此软件包适用于生物导体的3.10版；对于稳定的最新版本，请参阅Genogam。

基于GAM的芯片序列数据的框架

生物导体版本：3.10

该软件包允许使用R-PAKEAGE“ MGCV”的实现，对全基因组数据进行统计分析，并使用普通的加法模型进行统计分析。它提供了对CHIP-SEQ数据的统计分析的方法，包括推断蛋白质占用率，以及尖锐的和区域差分分析。分散和平滑参数的估计是通过交叉验证执行的。通过在重叠的基因组间隔内并行化，可以平行化整个染色体的广义加性模型拟合。

作者：Georg Stricker [AUT，CRE]，Alexander Engelhardt [aut]，Julien Gagneur [aut]

维护者：georg stricker

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.6”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ genogam”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Genogam”）

html	R脚本	用Genogam 2.0建模芯片序列数据：全基因组广义添加剂模型
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	chipseq，，，，芯片奇普，，，，差异性，，，，差异词，，，，表观遗传学，，，，遗传学，，，，免疫学，，，，回归，，，，软件，，，，全媒体
版本	2.4.0
在生物导体中	Bioc 3.3（R-3.3）（4年）
执照	GPL-2
要看	r（> = 3.5），总结性特征（> = 1.1.19），HDF5Array（> = 1.8.0），RHDF5（> = 2.21.6），S4VECTORS（> = 0.23.18），矩阵（> = 1.2-8），Data.Table（> = 1.9.4）
进口	RCPP（> = 0.12.14），稀疏（> = 0.1.1），rsamtools（> = 1.18.2），基因组机（> = 1.23.16），生物比较（> = 1.5.17），deseq2（> = 1.11.23），徒劳（> = 1.4.1），GenomeInfodB（> = 1.7.6），基因组签名（> = 1.7.17），iranges（> = 2.5.30），生物弦（> = 2.39.14），延迟（> = 0.3.19），方法，统计
链接	RCPP，，，，rcpparmadillo
建议	生物使用，，，，chipseq（> = 1.21.2），LSD（> = 3.0.0），GeneFilter（> = 1.54.2），GGPLOT2（> = 2.1.0），测试，，，，尼特，，，，rmarkDown
系统要求
增强
URL	https://github.com/gstricker/genogam
BugReports	https://github.com/gstricker/genogam/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	genogam_2.4.0.tar.gz
Windows二进制	genogam_2.4.0.zip（32-和64位）
Mac OS X 10.11（El Capitan）	genogam_2.4.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/genogam
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/genogam
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/genogam/
软件包下载报告	下载统计