GeneGeneInteR

DOI:10.18129 / B9.bioc.GeneGeneInteR

此包适用于Bioconductor的3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见GeneGeneInteR．

基因水平上基因-基因相互作用的测试工具

Bioconductor版本:3.10

这一套的目的是提出在病例对照关联研究中测试基因-基因相互作用的几种方法。这种检测可以通过在SNP水平(SSI)进行SNP-SNP相互作用检测或使用基因-基因多维方法(GGI)方法来完成。该软件包还提出了图形显示结果的工具。

作者:Mathieu Emily, Nicolas Sounac, Florian Kroell, Magalie Houee-Bigot

维护者:Mathieu Emily < Mathieu。emily at agrocampus-ouest.fr>， Magalie Houee-Bigot < Magalie。在agrocampus-ouest.fr houee >

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("GeneGeneInteR")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“GeneGeneInteR”)

PDF	R脚本	GeneGeneInteR介绍
PDF	R脚本	两两交互测试
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneticVariability，遗传学，GenomeWideAssociation，单核苷酸多态性，软件
版本	1.12.0
Bioconductor自	BioC 3.4 (R-3.3)(3.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 3.5)
进口	snpStats，mvtnorm，GGtools，Rsamtools，igraph，kernlab，FactoMineR，plspm，IRanges，GenomicRanges，data.table， grDevices，图形，统计，工具，方法
链接
建议
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	GeneGeneInteR_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	GeneGeneInteR_1.12.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	GeneGeneInteR_1.12.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GeneGeneInteR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ GeneGeneInteR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GeneGeneInteR/
包下载报告	下载数据