Geneaccord

doi：10.18129/b9.bioc.geneaccord

此软件包适用于生物导体的3.10版；对于稳定的最新版本，请参阅Geneaccord。

在癌症患者队列中检测克隆独家基因或途径对

生物导体版本：3.10

一个统计框架，用于检查在肿瘤中并存的克隆的组合。更确切地说，该算法发现在同一肿瘤中突变但在不同的克隆中突变的基因对，即它们的亚克隆突变曲线是相互排斥的。我们将其称为克隆独家。这意味着突变发生在肿瘤系统发育的不同分支中，表明克隆的平行演化。我们的统计框架评估了克隆排他性的模式是否比单独使用的一系列患者的机会更频繁地发生。所需的输入数据是来自癌症患者队列的突变基因至克隆分配，这些分配是通过运行系统发育树推理方法获得的。重建肿瘤的进化史并检测克隆是具有挑战性的。对于非确定算法，重复的树推理运行可能会导致突变到克隆分配略有不同。因此，我们的算法旨在允许每位患者的多个基因到克隆分配的输入。它们可能是通过反复执行树推理或从树的后分布中取样而产生的。 The tree inference methods designate the mutations to individual clones. The mutations can then be mapped to genes or pathways. Hence our statistical framework can be applied on the gene level, or on the pathway level to detect clonally exclusive pairs of pathways. If a pair is significantly clonally exclusive, it points towards the fact that this specific clone configuration confers a selective advantage, possibly through synergies between the clones with these mutations.

作者：Ariane L. Moore，Jack Kuipers和Niko Beerenwinkel

维护者：Ariane L. Moore

安装

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if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ geneaccord”）

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文档

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html	R脚本	Geneaccord
PDF		参考手册
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文本		执照

细节

生物浏览	生物医学信息学，，，，特征提取，，，，功能基因组学，，，，遗传因素，，，，遗传学，，，，基因组变量，，，，数学生物学，，，，途径，，，，图案表格，，，，软件，，，，somaticmmut，，，，系统生物学
版本	1.4.0
在生物导体中	Bioc 3.8（R-3.5）（1。5年）
执照	文件执照
要看	R（> = 3.5）
进口	Biomart，，，，表情，，，，dplyr，，，，GGPLOT2，图形，grdevices，gtools，，，，ggpubr，，，，马格里特，，，，麦克斯利克，，，，rcolorbrewer，，，，RESHAPE2，统计蒂布尔，UTILS
链接
建议	断言，，，，生物使用，，，，DevTools，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，测试
系统要求
增强
URL	https://github.com/cbg-ethz/geneaccord
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源包	geneaccord_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	geneaccord_1.4.0.zip
Mac OS X 10.11（El Capitan）	geneaccord_1.4.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/geneaccord
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/geneaccord
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/geneaccord/
软件包下载报告	下载统计