GSEABenchmarkeR

DOI:10.18129 / B9.bioc.GSEABenchmarkeR

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见GSEABenchmarkeR．

可重复的GSEA基准测试

Bioconductor版本:3.10

GSEABenchmarkeR包实现了一个可扩展的框架，用于对基因表达数据的富集分析的基于集和网络的方法进行可重复评估。这包括在标准工作站和机构计算机网格上使用并行计算，对综合真实数据纲要(微阵列和RNA-seq)上有效执行这些方法的支持。然后，可以根据运行时间、统计显著性和所调查表型结果的相关性来评估方法。

作者:Ludwig Geistlinger [aut, cre]， Gergely Csaba [aut]， Mara Santarelli [ctb]， Lucas Schiffer [ctb]， Marcel Ramos [ctb]， Ralf Zimmer [aut]， Levi Waldron [aut]

维护者:Ludwig Geistlinger

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("GSEABenchmarkeR")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“GSEABenchmarkeR”)

超文本标记语言	R脚本	可重复的GSEA基准测试
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression，GeneExpression，GeneSetEnrichment，GraphAndNetwork，ImmunoOncology，微阵列，网络，NetworkEnrichment，通路，RNASeq，ReportWriting，软件，可视化
版本	1.6.4,
在Bioconductor	BioC 3.7 (R-3.5)(2年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	Biobase，SummarizedExperiment
进口	AnnotationDbi，AnnotationHub，BiocFileCache，BiocParallel，刨边机，EnrichmentBrowser，ExperimentHub， grDevices，图形，KEGGandMetacoreDzPathwaysGEO，KEGGdzPathwaysGEO、方法、rappdirs，S4Vectors，统计，效用
链接
建议	BiocStyle，GEOquery，knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/waldronlab/GSEABenchmarkeR
BugReports	https://github.com/waldronlab/GSEABenchmarkeR/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	GSEABenchmarkeR_1.6.4.tar.gz
Windows二进制	GSEABenchmarkeR_1.6.4.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	GSEABenchmarkeR_1.6.4.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GSEABenchmarkeR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/GSEABenchmarkeR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GSEABenchmarkeR/
软件包下载报告	下载数据