GSEABase

DOI:10.18129 / B9.bioc.GSEABase

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅GSEABase。

基因集富集的数据结构和方法

Bioconductor版本:3.10

这个包提供了类和方法支持基因集富集分析(GSEA)。

作者:马丁·摩根Seth猎鹰,罗伯特先生

维修工:Bioconductor包维护者<维护者bioconductor.org >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“GSEABase”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“GSEABase”)

PDF	R脚本	介绍GSEABase
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	去,GeneExpression,GeneSetEnrichment,GraphAndNetwork,KEGG,软件
版本	1.48.0
Bioconductor自	BioC 2.1 (r - 2.6)(12.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 2.6.0),BiocGenerics(> = 0.13.8),Biobase(> = 2.17.8),注释(> = 1.45.3)、方法图(> = 1.37.2)
进口	AnnotationDbi,XML
链接
建议	hgu95av2.db,GO.db,org.Hs.eg.db,Rgraphviz,ReportingTools,testthat,BiocStyle,knitr
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	AGDEX,BicARE,CCPROMISE,cpvSNP,gCMAP,GSVAdata,npGSEA,承诺,singscore,splineTimeR,TissueEnrich
进口我	AUCell,BioCor,癌症,类别,categoryCompare,cellHTS2,EnrichmentBrowser,gCMAPWeb,gep2pep,GISPA,GlobalAncova,GmicR,GSRI,GSVA,HTSanalyzeR,MIGSA,miRSM,mogsa,oppar,PCpheno,phenoTest,帖子,承诺,RcisTarget,ReportingTools,scTGIF,signatureSearch,SingscoreAMLMutations,激流回旋,TFutils
建议我	BiocCaseStudies,BiocSet,计,globaltest,GOstats,GSAR,GSEAlm,桅杆,PGSEA,phenoTest,singleCellTK,TFEA.ChIP
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	GSEABase_1.48.0.tar.gz
Windows二进制	GSEABase_1.48.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	GSEABase_1.48.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GSEABase
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ GSEABase
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GSEABase/
包下载报告	下载数据