Gofuncr
doi：10.18129/b9.bioc.gofuncr
此软件包适用于生物导体的3.10版；对于稳定的最新版本，请参阅Gofuncr。
使用Func的基因本体学富集
生物导体版本：3.10
GOFUNCR基于本体富集软件func进行基因本体学富集分析。Go-Notations是从有机体DB或ORGDB软件包获得的（默认情况下为“ homo.sapiens”）；该包装包含在包装中，并定期更新（2019年7月7日）。GOFUNCR使用超几何测试提供了标准候选与背景富集分析，以及三个其他测试：（i）在排名基因时使用的Wilcoxon rank-sum测试，（ii）在基因时使用的二项式测试与两项计数和（iii）相关的卡方或Fisher的精确测试，该测试用于基因与四个计数相关的情况。为了纠正测试的多个测试和相互依赖性，根据基因相关变量的随机排列计算家庭错误率。GOFUNCR还提供了探索本体学图和注释的工具，以及考虑基因长度或空间聚类的选项。还可以提供自定义基因坐标，注释和本体论。
作者：Steffi Grote
维护者：steffi grote
引用（从r内，输入引用（“ gofuncr”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.6”）并输入：
if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ gofuncr”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
Browsevignettes（“ Gofuncr”）
| html | R脚本 | Gofuncr简介 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | 去，，，，基因烯，，，，软件 |
| 版本 | 1.6.1 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.7（R-3.5）（2年） |
| 执照 | GPL（> = 2） |
| 要看 | r（> = 3.4），vioplot（> = 0.2） |
| 进口 | RCPP（> = 0.11.5），mapplots（> = 1.5），gtools（> = 3.5.0），基因组机（> = 1.28.4），iranges，，，，AnnotationDbi，Utils，Grdevices，图形，统计 |
| 链接 | RCPP |
| 建议 | 同性恋，，，，生物使用，，，，尼特，，，，测试 |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | Abaenrichment |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | gofuncr_1.6.1.tar.gz |
| Windows二进制 | gofuncr_1.6.1.zip |
| Mac OS X 10.11（El Capitan） | gofuncr_1.6.1.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/gofuncr |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：packages/gofuncr |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/gofuncr/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
