哥特
DOI:10.18129 / B9.bioc.GOTHiC
这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅哥特。
二项测试高c数据分析
Bioconductor版本:3.10
这是一个高c分析包使用累积二项测试来检测远端基因位点之间的交互,更读的机会比预期高c实验。需要映射配对挥动读取列表作为输入,并回馈重要的对于一个给定的基因组中本大小的交互。
作者:Borbala Mifsud和罗伯特糖
维护人员:Borbala Mifsud < b。在qmul.ac.uk mifsud >
从内部引用(R,回车引用(“哥特”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:
如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“哥特式”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes(“哥特”)
| R脚本 | package_vignettes.pdf | |
| 参考手册 |
细节
| biocViews | 表观遗传学,嗝,ImmunoOncology,预处理,测序,软件 |
| 版本 | 1.22.0 |
| Bioconductor自 | BioC 2.14 (r - 3.1)(6年) |
| 许可证 | GPL-3 |
| 取决于 | R(> = 3.5.0)、方法GenomicRanges,Biostrings,BSgenome,data.table |
| 进口 | BiocGenerics,S4Vectors(> = 0.9.38),IRanges,Rsamtools,ShortRead,rtracklayer,ggplot2,BiocManagergrDevices跑龙套,统计数据,GenomeInfoDb |
| 链接 | |
| 建议 | HiCDataLymphoblast |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | 平行 |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | GOTHiC_1.22.0.tar.gz |
| Windows二进制 | GOTHiC_1.22.0.zip |
| Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦) | GOTHiC_1.22.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GOTHiC |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/哥特式 |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/GOTHiC/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
