GEOmetadb

DOI:10.18129 / B9.bioc.GEOmetadb

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅GEOmetadb。

一个编译从NCBI地理元数据

Bioconductor版本:3.10

NCBI基因表达综合(GEO)代表最大的微阵列数据的公共存储库。然而,找到感兴趣的数据可以使用当前的工具是一个挑战。GEOmetadb试图访问元数据与样品、平台和数据集更可行。这是通过所有NCBI地理元数据解析为一个SQLite数据库,可以在本地存储和查询。GEOmetadb只是一个薄包装SQLite数据库以及相关文档。最后,SQLite数据库定期更新为新数据添加到地理,可以随意下载最新的元数据。GEOmetadb纸:http://bioinformatics.oxfordjournals.org/cgi/content/short/24/23/2798。

作者:杰克朱和肖恩·戴维斯

维护人员:杰克朱< zhujack在mail.nih.gov >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“GEOmetadb”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“GEOmetadb”)

HTML	R脚本	GEOmetadb
PDF		参考手册

细节

biocViews	基础设施,软件
版本	1.48.0
Bioconductor自	BioC 2.2 (r - 2.7)(12年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	GEOquery,RSQLite
进口
链接
建议	knitr,rmarkdown,dplyr,tm,wordcloud
SystemRequirements
增强了
URL	http://gbnci.abcc.ncifcrf.gov/geo/
取决于我
进口我	奥纳西斯
建议我	antiProfilesData
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	GEOmetadb_1.48.0.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	GEOmetadb_1.48.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GEOmetadb
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ GEOmetadb
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GEOmetadb/
包下载报告	下载数据