《创世纪》

DOI:10.18129 / B9.bioc.GENESIS

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见《创世纪》．

结构化样本中的遗传估计和推断(GENESIS):用于分析来自具有群体结构和/或相关性的样本的遗传数据的统计方法

Bioconductor版本:3.10

GENESIS包提供了在遗传分析中估计、推断和计算种群和谱系结构的方法。目前的实现提供了执行PC-AiR (Conomos等人，2015,Gen Epi)和PC-Relate (Conomos等人，2016,AJHG)的功能。PC-AiR对全基因组SNP数据进行主成分分析，用于检测样本中可能包含已知或未知相关性的群体结构。与标准PCA不同，PC-AiR解释了样本中的相关性，以提供准确的祖先推断，不受家族结构的影响。PC-Relate使用祖先代表性主成分对种群结构/祖先进行调整，并准确估计最近的遗传相关性指标，如亲属系数、IBD共享概率和近交系数。此外，还提供了对定量和二元表型进行有效方差分量估计和混合模型关联检验的函数。

作者:Matthew P. Conomos, Stephanie M. Gogarten, Lisa Brown, Han Chen, Thomas Lumley, Ken Rice, Tamar Sofer, Timothy Thornton, Yu Chaoyu

维护者:Stephanie M. Gogarten

安装

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如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("GENESIS")

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文档

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browseVignettes(“创世纪”)

超文本标记语言	R脚本	使用GENESIS软件包分析序列数据
超文本标记语言	R脚本	使用GENESIS包进行基因关联检测
超文本标记语言	R脚本	使用GENESIS包进行种群结构和亲缘关系推断
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	BiocViews，DimensionReduction，GeneticVariability，遗传学，GenomeWideAssociation，PrincipalComponent，质量控制，单核苷酸多态性，软件，StatisticalMethod
版本	2.16.1
在Bioconductor	BioC 3.1 (R-3.2)(5年)
许可证	GPL-3
取决于
进口	Biobase，BiocGenerics，GWASTools，gdsfmt，GenomicRanges，IRanges，S4Vectors，SeqArray，SeqVarTools，SNPRelate，data.table，dplyr，foreach，图形，grDevices，igraph，矩阵、方法、reshape2，统计，效用
链接
建议	CompQuadForm，poibin，接二连三，调查，testthat，BiocStyle，knitr，rmarkdown，GWASdata，ggplot2，GGally，RColorBrewer，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/UW-GAC/GENESIS
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

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源包	GENESIS_2.16.1.tar.gz
Windows二进制	GENESIS_2.16.1.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	GENESIS_2.16.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GENESIS
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/GENESIS
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GENESIS/
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