此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本,请参见FourCSeq.
Bioconductor版本:3.10
FourCSeq是一个R包,专门用于(多路复用)4C测序数据的分析。该软件包提供了一个管道来检测DNA元素之间的特定相互作用,并识别不同条件之间的差异相互作用。R中的统计分析从作为输入的每个示例的单个bam文件开始。要获得这些文件,包中包含一个python脚本(extdata/python/demultiplex.py)来解复用库并修剪引物序列。使用标准对齐软件可以生成所需的bam文件。
作者:Felix A. Klein, EMBL海德堡
维护者:Felix A. Klein
引文(从R内,输入引用(“FourCSeq”)
):
要安装这个包,启动R(版本“3.6”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("FourCSeq")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“FourCSeq”)
R脚本 | FourCSeq | |
参考手册 |
biocViews | 预处理,测序,软件 |
版本 | 1.20.0 |
在Bioconductor | BioC 3.0 (R-3.1)(5.5年) |
许可证 | GPL (>= 3) |
取决于 | R (>= 3.0),GenomicRanges,ggplot2,DESeq2(>= 1.9.11),样条,方法,迷幻药 |
进口 | DESeq2,Biobase,Biostrings,GenomicRanges,SummarizedExperiment,Rsamtools,ggbio,reshape2,rtracklayer,食品及药物管理局,GenomicAlignments,gtools,矩阵 |
链接 | |
建议 | BiocStyle,knitr,TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm3.ensGene |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
全靠我 | |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
源包 | FourCSeq_1.20.0.tar.gz |
Windows二进制 | FourCSeq_1.20.0.zip(32位和64位) |
Mac OS X 10.11 (El Capitan) | FourCSeq_1.20.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/FourCSeq |
源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/FourCSeq |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/FourCSeq/ |
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