女性

doi:10.18129/b9.bioc.fem

此软件包适用于生物导体的3.10版;对于稳定的最新版本,请参阅女性

识别功能性表观遗传模块

生物导体版本:3.10

FEM软件包对DNA甲基化和基因表达数据进行了系统级集成分析。它寻求与功能相关的基因模块,这些基因表现出差异启动子DNA甲基化和差异表达,其中假定启动子DNA甲基化与基因表达之间的逆关联。有关完整的详细信息,请参见Jiao等人的生物信息学2014。

作者:Andrew E. Teschendorff和Zhen Yang

维护者:Zhen Yang

引用(从r内,输入引用(“ fem”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.6”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ fem”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“ fem”)

PDF R脚本 FEM软件包对DNA甲基化和基因表达进行了系统级集成分析。它寻求与功能相关的基因模块,这些基因表现出差异启动子DNA甲基化和差异表达,其中假定启动子DNA甲基化与基因表达之间的逆关联。有关完整的详细信息,请参见Jiao等人的生物信息学2014。
PDF 参考手册

细节

生物浏览 差异性,,,,差甲基化,,,,NetworkEnrichment,,,,软件,,,,系统生物学
版本 3.14.0
在生物导体中 Bioc 3.0(R-3.1)(5。5年)
执照 GPL(> = 2)
要看 AnnotationDbi,,,,矩阵,,,,Marray,,,,Corrplot,,,,Igraph,,,,,,,,林玛,,,,org.hs.eg.db,,,,图形,,,,生物基因
进口 图形
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取决于我 冠军
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构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 fem_3.14.0.tar.gz
Windows二进制 fem_3.14.0.zip(32-和64位)
Mac OS X 10.11(El Capitan) FEM_3.14.0.TGZ
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/fem
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/fem
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/fem/
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