EpiDISH

DOI:10.18129 / B9.bioc.EpiDISH

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅EpiDISH。

表观遗传解剖Intra-Sample-Heterogeneity

Bioconductor版本:3.10

EpiDISH R是一个包来推断先验已知的细胞类型的比例存在于样本代表这样的细胞类型的混合物。现在,包可用于DNAm数据的全血,通用的上皮组织和乳腺组织。此外,包提供了一个功能,允许差异甲基化细胞类型的识别和Epigenome-Wide关联研究的方向性变化。

作者:安德鲁·e·Teschendorff <。teschendorff ucl.ac。英国>,c .郑< shijieczheng gmail.com >

维修工:运输查尔斯郑< shijieczheng gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“EpiDISH”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“EpiDISH”)

HTML	R脚本	表观遗传解剖Intra-Sample-Heterogeneity
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DNAMethylation,DifferentialMethylation,表观遗传学,ImmunoOncology,MethylationArray,软件
版本	2.2.2
Bioconductor自	BioC 3.6 (r - 3.4)(2.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 3.5)
进口	质量,e1071,quadprog、并行数据,matrixStats,stringr,locfdr
链接
建议	roxygen2,GEOquery,BiocStyle,knitr,rmarkdown,Biobase,testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/sjczheng/EpiDISH
BugReports	https://github.com/sjczheng/EpiDISH/issues
取决于我	烤面包
进口我
建议我	FlowSorted.Blood.EPIC
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	EpiDISH_2.2.2.tar.gz
Windows二进制	EpiDISH_2.2.2.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	EpiDISH_2.2.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/EpiDISH
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ EpiDISH
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/EpiDISH/
包下载报告	下载数据