富集兄弟

doi：10.18129/b9.bioc.enrichmentbrowser

此软件包适用于生物导体的3.10版；对于稳定的最新版本，请参阅富集兄弟。

通过基于集合和基于网络的富集分析的结合结果无缝导航

生物导体版本：3.10

富集兄弟软件包实现了基因表达数据富集分析的基本功能。该分析结合了基于集合和基于网络的富集分析的优势，以得出高信心基因集和生物学途径，这些基因集和生物学途径在所研究的表达数据中受到差异调节。此外，包装有助于对此类集合和途径的可视化和探索。

作者：路德维希·盖斯特林格[AUT，CRE]，Gergely Csaba [aut]，Mara Santarelli [CTB]，Marcel Ramos [CTB]，Levi Waldron [CTB]，Ralf Zimmer [aut]

维护者：sph.cuny.edu>的路德维格·盖斯林格（Ludwig Geistlinger）

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.6”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ renrichmentbrowser”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“富集”）

PDF	R脚本	丰富的兄弟手册
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	差异性，，，，基因表达，，，，基因烯，，，，GraphandNetwork，，，，免疫学，，，，微阵列，，，，网络，，，，NetworkEnrichment，，，，途径，，，，rnaseq，，，，报告写作，，，，软件，，，，可视化
版本	2.16.1
在生物导体中	Bioc 3.0（R-3.1）（5。5年）
执照	艺术2.0
依靠	总结性特征，，，，图形
进口	AnnotationDbi，，，，Biocfilecache，，，，生物管理器，，，，复杂的图像，，，，gseabase，，，，go.db，，，，keggrest，，，，kegggraph，，，，rgraphviz，，，，S4VECTORS，，，，Spia，，，，生物图，，，，EDGER，，，，Geneplotter，，，，石墨，，，，HWRITER，，，，林玛， 方法，PathView，，，，Rappdirs，，，，安全的，，，，topgo
链接
建议	全部，，，，生物使用，，，，报告工具，，，，呼吸道，，，，HGU95AV2.DB，，，，尼特
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我	GSEABENCHMARKER，，，，途径图
建议我	topaseq
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	EnrichmentBrowser_2.16.1.tar.gz
Windows二进制	EnrichmentBrowser_2.16.1.zip
Mac OS X 10.11（El Capitan）	EnrichmentBrowser_2.16.1.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/enrichmentbrowser
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/ronichmentbrowser
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/enrichmentbrowser/
软件包下载报告	下载统计