富集兄弟

doi:10.18129/b9.bioc.enrichmentbrowser

此软件包适用于生物导体的3.10版;对于稳定的最新版本,请参阅富集兄弟

通过基于集合和基于网络的富集分析的结合结果无缝导航

生物导体版本:3.10

富集兄弟软件包实现了基因表达数据富集分析的基本功能。该分析结合了基于集合和基于网络的富集分析的优势,以得出高信心基因集和生物学途径,这些基因集和生物学途径在所研究的表达数据中受到差异调节。此外,包装有助于对此类集合和途径的可视化和探索。

作者:路德维希·盖斯特林格[AUT,CRE],Gergely Csaba [aut],Mara Santarelli [CTB],Marcel Ramos [CTB],Levi Waldron [CTB],Ralf Zimmer [aut]

维护者:sph.cuny.edu>的路德维格·盖斯林格(Ludwig Geistlinger)

引用(从r内,输入引用(“富集”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.6”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ renrichmentbrowser”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“富集”)

PDF R脚本 丰富的兄弟手册
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 差异性,,,,基因表达,,,,基因烯,,,,GraphandNetwork,,,,免疫学,,,,微阵列,,,,网络,,,,NetworkEnrichment,,,,途径,,,,rnaseq,,,,报告写作,,,,软件,,,,可视化
版本 2.16.1
在生物导体中 Bioc 3.0(R-3.1)(5。5年)
执照 艺术2.0
依靠 总结性特征,,,,图形
进口 AnnotationDbi,,,,Biocfilecache,,,,生物管理器,,,,复杂的图像,,,,gseabase,,,,go.db,,,,keggrest,,,,kegggraph,,,,rgraphviz,,,,S4VECTORS,,,,Spia,,,,生物图,,,,EDGER,,,,Geneplotter,,,,石墨,,,,HWRITER,,,,林玛, 方法,PathView,,,,Rappdirs,,,,安全的,,,,topgo
链接
建议 全部,,,,生物使用,,,,报告工具,,,,呼吸道,,,,HGU95AV2.DB,,,,尼特
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我 GSEABENCHMARKER,,,,途径图
建议我 topaseq
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 EnrichmentBrowser_2.16.1.tar.gz
Windows二进制 EnrichmentBrowser_2.16.1.zip
Mac OS X 10.11(El Capitan) EnrichmentBrowser_2.16.1.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/enrichmentbrowser
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/ronichmentbrowser
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/enrichmentbrowser/
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