此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本,请参见ERSSA.
Bioconductor版本:3.10
ersa包获取用户提供的RNA-seq差异表达数据集,并计算不同生物复制水平下差异表达基因的数量。这允许用户在不依赖任何先验假设的情况下,确定他们的RNA-seq数据集是否已经实现了足够的差异检测。
作者:邵子轩[aut, cre]
维护者:Zixuan Shao
引文(从R内,输入引用(“ERSSA”)
):
要安装这个包,启动R(版本“3.6”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install(" ersa ")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“ERSSA”)
超文本标记语言 | R脚本 | ersa包简介 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 | |
文本 | 许可证 |
biocViews | DifferentialExpression,GeneExpression,ImmunoOncology,MultipleComparison,质量控制,RNASeq,软件,转录 |
版本 | 1.4.0 |
在Bioconductor | BioC 3.8 (R-3.5)(1.5年) |
许可证 | GPL-3 |文件许可证 |
取决于 | R (>= 3.5.0) |
进口 | 刨边机(> = 3.23.3),DESeq2(> = 1.21.16),ggplot2(> = 3.0.0),RColorBrewer(> = 1.1 2),plyr(> = 1.8.4),BiocParallel(>= 1.15.8), grDevices, stats, utils |
链接 | |
建议 | BiocStyle,knitr,rmarkdown |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | https://github.com/zshao1/ERSSA |
全靠我 | |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
源包 | ERSSA_1.4.0.tar.gz |
Windows二进制 | ERSSA_1.4.0.zip |
Mac OS X 10.11 (El Capitan) | ERSSA_1.4.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ERSSA |
源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ ersa |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/ERSSA/ |
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