ENmix

DOI:10.18129 / B9.bioc.ENmix

此包适用于Bioconductor的3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见ENmix．

Illumina HumanMethylation450和MethylationEPIC BeadChip的数据预处理和质量控制

Bioconductor版本:3.10

ENmix包为Illumina HumanMethylation450和MethylationEPIC beadchip提供了一套质量控制和数据预处理工具。它包括ENmix背景校正，RELIC染料偏置校正，RCP探针型偏置校正，以及一些额外的工具。这些函数可以用来去除不必要的实验噪声，从而提高甲基化测量的准确性和可重复性。ENmix函数灵活且透明。用户可以选择一个单独的管道命令来完成所有数据预处理步骤(包括背景校正、染料偏倚调整、阵列间归一化和探头类型的偏倚校正)，也可以选择按顺序使用个别函数以更定制的方式执行数据预处理。此外，ENmix包具有可选择的补充功能，以实现高效的数据可视化(如数据分布图);质量控制(识别和过滤低质量数据点、样本、探针和异常值，以及缺失值的归因);识别由于snp或其他因素而具有多峰分布的探针;用主成分回归分析图探讨数据方差结构下游统计分析中需调整的实验因素相关替代控制变量的编制; an efficient algorithm oxBS-MLE to estimate 5-methylcytosine and 5-hydroxymethylcytosine level; estimation of celltype proporitons; methlation age calculation and differentially methylated region (DMR) analysis.

作者:徐宗礼[cre, aut]，牛亮[aut]，李乐平[ctb]，杰克·泰勒[ctb]

维护人员:Zongli Xu

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("ENmix")

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文档

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browseVignettes(“ENmix”)

PDF	R脚本	ENmix用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	BatchEffect，DNAMethylation，DataImport，DifferentialMethylation，表观遗传学，ImmunoOncology，MethylationArray，微阵列，多通道，归一化，OneChannel，预处理，PrincipalComponent，质量控制，回归，软件，TwoChannel
版本	1.22.6
Bioconductor自	BioC 3.1 (R-3.2)(5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	平行,doParallel，foreach，SummarizedExperiment,统计数据
进口	grDevices、图形preprocessCore，matrixStats、方法、跑龙套irr，geneplotter，嫁祸于，minfi，RPMM，illuminaio，dynamicTreeCut，IRanges，Biobase，ExperimentHub，AnnotationHub，genefilter，gplots，quadprog，S4Vectors
链接
建议	minfiData，RUnit，BiocGenerics
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

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源包	ENmix_1.22.6.tar.gz
Windows二进制	ENmix_1.22.6.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	ENmix_1.22.6.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ENmix
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ENmix
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ENmix/
包下载报告	下载数据