ENCODExplorer

DOI:10.18129 / B9.bioc.ENCODExplorer

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅ENCODExplorer。

一个编译的编码元数据

Bioconductor版本:3.10

这个包允许用户快速访问项目文件元数据编码,给辅助函数查询访问rest api进行编码,编码下载数据并保存在SQLite数据库格式。

作者:查尔斯·乔利Beauparlant (aut (cre),奥黛丽勒马特(aut),埃里克·弗尔涅(aut)路易Gendron[所有],Astrid-Louise Deschenes[所有],Arnaud所有权(aut)

维护人员:查尔斯·乔利Beauparlant <查尔斯。在crchul.ulaval.ca joly-beauparlant >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“ENCODExplorer”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“ENCODExplorer”)

HTML	R脚本	ENCODExplorer
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport,基础设施,软件
版本	2.12.1
Bioconductor自	BioC 3.1 (r - 3.2)(5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.6)
进口	方法、工具jsonlite,RCurl,tidyr,data.table,dplyr,stringr,stringi跑龙套,AnnotationHub,GenomicRanges,rtracklayer,S4Vectors,GenomeInfoDb
链接
建议	RUnit,BiocGenerics,knitr,旋度,httr,闪亮的,shinythemes,DT
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/CharlesJB/ENCODExplorer/issues
取决于我
进口我
建议我	TSRchitect
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	ENCODExplorer_2.12.1.tar.gz
Windows二进制	ENCODExplorer_2.12.1.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	ENCODExplorer_2.12.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ENCODExplorer
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ENCODExplorer
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ENCODExplorer/
包下载报告	下载数据