埃尔默

doi：10.18129/b9.bioc.elmer

此软件包适用于生物导体的3.10版；对于稳定的最新版本，请参阅埃尔默。

使用癌症甲基团推断调节元件景观和转录因子网络

生物导体版本：3.10

Elmer被设计为使用大量样品中的DNA甲基化和基因表达，用于原代组织中的输液调节元件景观和转录因子网络。

作者：Tiago Chedraoui Silva [AUT，CRE]，Lijing Yao [aut]，Simon Coetzee [aut]，Nicole Gull [CTB]，Hui Shen [CTB]，Peter Laird [CTB]，Peggy Farnham [aut]，DeChen Li [aut]CTB]，本杰明·伯曼[aut]

维护者：tiago chedraoui silva

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.6”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ elmer”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Elmer”）

html	R脚本	1 -Elmer v.2：R/生物导体包，用于从DNA甲基化和转录组轮廓重建基因调节网络
html	R脚本	11 -Elmer：用例
html	R脚本	2-简介：输入数据
html	R脚本	3.1-数据输入 - 创建MAE对象
html	R脚本	3.2-识别差异甲基化探针
html	R脚本	3.3-识别推定的探针对
html	R脚本	3.4-对所选探针的基序富集分析
html	R脚本	3.5-识别监管TFS
html	R脚本	3.6 -tcga.pipe：以紧凑的方式运行tcga数据的E​​lmer
html	R脚本	4.1-散点图
html	R脚本	4.2-示意图
html	R脚本	4.3-图案富集图
html	R脚本	4.4-监管TF图
html	R脚本	4.5-热图图
html	R脚本	5-具有TCGABIOLINKS和ELMER的综合分析研讨会 - GUI分析
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	DNAMETHYLATY，，，，基因表达，，，，结肠管制，，，，图案，，，，网络，，，，软件，，，，转录
版本	2.10.0
在生物导体中	Bioc 3.2（R-3.2）（4。5年）
执照	GPL-3
要看	r（> = 3.4.0），Elmer.Data（> = 2.9.3）
进口	基因组机，，，，GGPLOT2，，，，重塑，网格，grdevices，图形，方法，并行，统计，utils，iranges，，，，GenomeInfodB，，，，S4VECTORS，，，，GenomicFeatures，，，，tcgabiolinks（> = 2.9.2），plyr，，，，矩阵，，，，dplyr，，，，GVIZ，，，，复杂的图像，，，，循环，，，，多亚sayExexperiment，，，，总结性特征，，，，Biomart，，，，多帕尔，，，，下载器，，，，Ggrepel，，，，格子，，，，马格里特，，，，readr，，，，秤，，，，rvest，，，，XML2，，，，情节，，，，栅格，，，，rmarkDown，，，，Stringr，，，，蒂布尔，，，，花花公子，，，，进步，，，，purrr，，，，ggpubr，，，，rtracklayer，，，，延迟
链接
建议	生物使用，，，，尼特，，，，测试，，，，Data.Table，，，，DT，，，，基因组间，，，，Webshot，，，，r.utils，，，，COVR
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我	tcgabiolinksgui，，，，tcgaworkflow
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	elmer_2.10.0.tar.gz
Windows二进制	elmer_2.10.0.zip
Mac OS X 10.11（El Capitan）	elmer_2.10.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/elmer
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/Elmer
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/elmer/
软件包下载报告	下载统计