EDASeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.EDASeq

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见EDASeq．

RNA-Seq的探索性数据分析和归一化

Bioconductor版本:3.10

RNA-Seq读取数据的数值和图形摘要。用于调整gc含量对读取计数的影响(或其他基因水平效应)的巷内归一化程序:黄土稳健局部回归、全局标度和全分位数归一化(Risso等，2011)。调整车道间分布差异(例如，排序深度)的车道间归一化程序:全局尺度和全分位数归一化(布拉德等人，2010年)。

作者:Davide Risso [aut, cre, cph]， Sandrine Dudoit [aut]， Ludwig Geistlinger [ctb]

维护者:Davide Risso < Risso。Davide在gmail.com>

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("EDASeq")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“EDASeq”)

超文本标记语言	R脚本	EDASeq装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression，ImmunoOncology，预处理，质量控制，RNASeq，测序，软件
版本	2.20.0
在Bioconductor	BioC 2.9 (R-2.14)(8.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	Biobase(> = 2.15.1),ShortRead(> = 1.11.42)
进口	方法、图形BiocGenerics，IRanges(> = 1.13.9),DESeq，aroma.light，Rsamtools(> = 1.5.75),biomaRt，Biostrings，AnnotationDbi，GenomicFeatures，GenomicRanges，BiocManager
链接
建议	BiocStyle，knitr，yeastRNASeq，leeBamViews，刨边机，KernSmooth，testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/drisso/EDASeq
BugReports	https://github.com/drisso/EDASeq/issues
全靠我	metaseqR，RUVSeq
进口我	consensusDE，DaMiRseq，TCGAbiolinks
建议我	bigPint，DEScan2，HTSFilter
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	EDASeq_2.20.0.tar.gz
Windows二进制	EDASeq_2.20.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	EDASeq_2.20.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/EDASeq
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/EDASeq
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/EDASeq/
软件包下载报告	下载数据