Dupchecker

doi:10.18129/b9.bioc.dupchecker

此软件包适用于生物导体的3.10版;对于稳定的最新版本,请参阅Dupchecker

用于检查荟萃分析中高通量基因组冗余的软件包

生物导体版本:3.10

荟萃分析已成为高通量基因组数据分析的流行方法,因为它通常可以显着增加检测数据集中生物信号或模式的功率。但是,当使用公共可用数据库进行荟萃分析时,样本的重复是经常遇到的问题,尤其是对于基因表达数据而言。不删除重复物会使研究结果值得怀疑。我们开发了一个生物处理程序套件DUPCHECKER,该包装可以通过生成用于原始数据的MD5指纹来有效地识别重复的样品。

作者:Quanhu Sheng,Yu Shyr,XI Chen

维护者:“ Quanhu Sheng”

引用(从r内,输入引用(“ dupchecker”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.6”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ dupchecker”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

browsevignettes(“ dupchecker”)

PDF R脚本 使用“ Dupchecker”软件包验证基因组数据
PDF 参考手册

细节

生物浏览 预处理,,,,软件
版本 1.24.0
在生物导体中 Bioc 3.0(R-3.1)(5。5年)
执照 GPL(> = 2)
要看
进口 工具,r.utils,,,,rcurl
链接
建议 尼特
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 dupchecker_1.24.0.tar.gz
Windows二进制 dupchecker_1.24.0.zip
Mac OS X 10.11(El Capitan) dupchecker_1.24.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/dupchecker
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/dupchecker
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/dupchecker/
软件包下载报告 下载统计

文档»

生物导体

r/克兰软件包和文档

支持»

请阅读发布指南。向以下位置之一发布有关生物导体的问题:

  • 支持网站- 有关生物处理套件的问题
  • 正常词 邮件列表 - 包装开发人员bob电竞体育官网