DropletUtils

DOI:10.18129 / B9.bioc.DropletUtils

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见DropletUtils．

处理单细胞液滴数据的实用程序

Bioconductor版本:3.10

提供许多实用函数，用于处理来自液滴技术(如10X Genomics)的单细胞(RNA-seq)数据。这包括从计数矩阵或分子信息文件中加载数据，从空液滴中识别细胞，删除条形码交换的伪细胞，以及计数矩阵的下采样。

作者:Aaron Lun [aut, cre]， Jonathan Griffiths [ctb]， Davis McCarthy [ctb]

维护者:Aaron Lun 的键盘

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("DropletUtils")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“DropletUtils”)

超文本标记语言	R脚本	处理基于液滴的单细胞RNA-seq数据的实用程序
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	报道，DataImport，GeneExpression，ImmunoOncology，RNASeq，测序，SingleCell，软件，转录组
版本	1.6.1
在Bioconductor	BioC 3.7 (R-3.5)(2年)
许可证	GPL-3
取决于	SingleCellExperiment
进口	S4Vectors，BiocParallel，Rcpp，矩阵，方法，utils，统计，刨边机，rhdf5，HDF5Array，R.utils，dqrng
链接	Rcpp，beachmat，Rhdf5lib，黑洞，dqrng
建议	testthat，beachmat，knitr，BiocStyle，rmarkdown
SystemRequirements	c++ 11, GNU制作
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我	BUSpaRse，嘘，飞溅
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	DropletUtils_1.6.1.tar.gz
Windows二进制	DropletUtils_1.6.1.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	DropletUtils_1.6.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DropletUtils
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/DropletUtils
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/DropletUtils/
软件包下载报告	下载数据