剂量

DOI:10.18129 / B9.bioc.DOSE

此包适用于Bioconductor的3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见剂量．

疾病本体语义与丰富分析

Bioconductor版本:3.10

该包实现了Resnik、Schlicker、Jiang、Lin和Wang分别提出的五种方法，用于测量DO术语和基因产物之间的语义相似性。富集分析还包括超几何模型和基因集富集分析，以发现高通量生物学数据的疾病关联。

作者:余光创[aut, cre]，王立根[ctb]， Vladislav Petyuk [ctb]， Giovanni Dall'Olio [ctb]

维护人员:Guangchuang Yu

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“剂量”)

超文本标记语言	R脚本	01 DOSE语义相似性分析
超文本标记语言	R脚本	剂量
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释，GeneSetEnrichment，MultipleComparison，通路，软件，可视化
版本	3.12.0
Bioconductor自	BioC 2.9 (R-2.14)(8.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.4.0)
进口	AnnotationDbi，BiocParallel，DO.db，fgsea，ggplot2，GOSemSim(> = 2.0.0)、方法qvalue，reshape2，S4Vectors统计,跑龙套
链接
建议	prettydoc，clusterProfiler，knitr，org.Hs.eg.db，testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://guangchuangyu.github.io/software/DOSE
BugReports	https://github.com/GuangchuangYu/DOSE/issues
取决于我
进口我	bioCancer，clusterProfiler，debrowser，eegc，enrichplot，GDCRNATools，林肯，MAGeCKFlute，网格，miRspongeR，MoonlightR，PathwaySplice，ReactomePA，RNASeqR，scTensor，signatureSearch
建议我	可乐，GOSemSim，scGPS
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	DOSE_3.12.0.tar.gz
Windows二进制	DOSE_3.12.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	DOSE_3.12.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DOSE
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/剂量
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/DOSE/
包下载报告	下载数据