DNAcopy

DOI:10.18129 / B9.bioc.DNAcopy

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅DNAcopy。

DNA拷贝数的数据分析

Bioconductor版本:3.10

实现了循环二进制分割(CBS)算法来段DNA拷贝数数据和识别基因组拷贝数异常的地区。

作者:万卡特拉曼·莱马克里斯·e·珊,亚当Olshen

维修工:万卡特拉曼·莱马克里斯·e·珊< seshanv mskcc.org >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“DNAcopy”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“DNAcopy”)

PDF	R脚本	DNAcopy
PDF		参考手册

细节

biocViews	CopyNumberVariation,微阵列,软件
版本	1.60.0
Bioconductor自	BioC 1.6 (r - 2.1)或更早(> 15年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于
进口
链接
建议
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	CGHcall,cghMCR,单克隆,CRImage,PureCN
进口我	ADaCGH2,AneuFinder,ArrayTV,冠军,cn.farms,CNAnorm,CNVrd2,contiBAIT,conumee,文案,GWASTools,联合化疗,MEDIPS,MethCP,MinimumDistance,QDNAseq,rCGH,Repitools,芝麻,snapCGH
建议我	beadarraySNP,cn.mops,CopyNumberPlots,fastseg,genoset
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	DNAcopy_1.60.0.tar.gz
Windows二进制	DNAcopy_1.60.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	DNAcopy_1.60.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DNAcopy
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ DNAcopy
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/DNAcopy/
包下载报告	下载数据