DMCHMM

DOI:10.18129 / B9.bioc.DMCHMM

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅DMCHMM。

不同甲基化CpG使用隐马尔科夫模型

Bioconductor版本:3.10

管道识别差异甲基化CpG网站使用隐马尔科夫模型在酸性亚硫酸盐测序数据。

作者:Farhad Shokoohi

维护人员:Farhad Shokoohi < Shokoohi icloud.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“DMCHMM”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“DMCHMM”)

HTML	R脚本	DMCHMM
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	报道,DifferentialMethylation,HiddenMarkovModel,测序,软件
版本	1.8.0
Bioconductor自	BioC 3.6 (r - 3.4)(2.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.5.0),SummarizedExperiment、方法、S4Vectors,BiocParallel,GenomicRanges,IRanges,fdrtool
进口	grDevices跑龙套,统计数据,rtracklayer,multcomp,校准、图形
链接
建议	testthat,knitr
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/shokoohi/DMCHMM/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	DMCHMM_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	DMCHMM_1.8.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	DMCHMM_1.8.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DMCHMM
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ DMCHMM
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/DMCHMM/
包下载报告	下载数据