DEqMS

DOI:10.18129 / B9.bioc.DEqMS

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅DEqMS。

一个工具来执行统计分析蛋白质差异表达的定量蛋白质组学数据。

Bioconductor版本:3.10

DEqMS开发Limma之上。然而,同样Limma假定先验方差对所有基因。在蛋白质组学,蛋白质丰度估计的准确性不同肽的数量/ psm量化label-free和标签数据。由多个多肽或蛋白质量化psm更准确。DEqMS包之前能够估计不同差异蛋白质量化由不同数量的psm /肽,因此人们更好的精度。这个包可以应用于分析label-free和标记蛋白质组学数据。

作者:Yafeng朱

维修工:朱Yafeng < Yafeng。朱:outlook.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“DEqMS”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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HTML	R脚本	DEqMS R减价小插曲
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细节

biocViews	贝叶斯,DifferentialExpression,ImmunoOncology,MassSpectrometry,MultipleComparison,归一化,预处理,蛋白质组学,软件
版本	1.4.0
Bioconductor自	BioC 3.8 (r - 3.5)(1.5年)
许可证	LGPL
取决于	R(> = 3.5),图形,统计数据,ggplot2,limma(> = 3.34)
进口
链接
建议	BiocStyle,knitr,rmarkdown,plyr,matrixStats,reshape2,农场跑龙套,ggrepel,ExperimentHub,迷幻药
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/yafeng/DEqMS/issues
取决于我
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	DEqMS_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	DEqMS_1.4.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	DEqMS_1.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DEqMS
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ DEqMS
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/DEqMS/
包下载报告	下载数据