Dexseq.

DOI：10.18129 / b9.bioc.dexseq.

此套餐适用于Biocumonds 3.10版;对于稳定的最新版本版本，请参阅Dexseq.。

RNA-SEQ中差动外显子使用的推断

生物导体版本：3.10

该包装专注于使用具有不同实验设计的样品之间的RNA-SEQ外显子测定不同的外显子使用。它提供了允许用户基于使用负二项式分布的模型进行必要的统计测试的功能，以估计生物复制与用于测试的广义线性模型之间的差异。该包还提供了可视化和探索结果的功能。

作者：Simon Anders 和Alejandro reyes

维护者：Alejandro reyes

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“3.6”）并输入：

if（！percennamespace（“biocmanager”，squilly = true））install.packages（“biocmanager”）biocmanager ::安装（“dexseq”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

要查看系统中安装此包版本的文档，请启动r并输入：

BROWSEVIGNETTES（“DEXSEQ”）

HTML.	r script.	使用DEXSEQ包推断使用RNA-SEQ数据中的差分外显子使用
PDF.		参考手册
文本		消息

细节

Biocviews.	替代品那不同的亚兴那差异化那基因表达那免疫学那rnaseq.那测序那软件那可视化
版本	1.32.0
在生物导体中以来	BIOC 2.9（R-2.14）（8.5岁）
执照	GPL（> = 3）
依靠	生物相投那BioBase.那概括分析那绞喉（> = 2.5.17），Genomicranges.（> = 1.23.7），deseq2.（> = 1.9.11），annotationdbi.那rcolorbrewer.那S4Vectors.（> = 0.23.18）
进口	生物根系那生物雕那HWRITER.， 方法，stringr.那RSAMTOOLS.那Statmod.那Geneplotter.那Genefilter.
链接到
建议	基因组法（> = 1.13.29），帕西拉（> = 0.2.22），甲状旁腺那生物焦那kn那RAMAMAMDOW.
系统要求
加强
URL.
取决于我	IsoformSwitchAnalyzer.那rnaseqdtu.
进口我	兴趣
建议我	Genomicranges.那JCTSeqdata.那帕西拉那stager.那潜艇
链接给我
建立报告

包档案包

跟随bob 体育网址 在r会话中使用此包的说明。

源包	dexseq_1.32.0.tar.gz.
Windows二进制文件	dexseq_1.32.0.zip.
Mac OS x 10.11（El Capitan）	dexseq_1.32.0.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/dexseq.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondudard.org：包装/ dexseq
包短网址	https://biocumon.org/packages/dexseq/
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