DEWSeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.DEWSeq

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本,请参见DEWSeq

基于负二项分布的微分表达窗

Bioconductor版本:3.10

下一代测序数据如eCLIP或iCLIP数据的窗口差异表达分析。

作者:Sudeep Sahadevan , Thomas Schwarzl < Schwarzl at embl.de>

维护者:Hentze生物信息学团队

引文(从R内,输入引用(“DEWSeq”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("DEWSeq")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“DEWSeq”)

超文本标记语言 R脚本 用DEWSeq分析eCLIP/iCLIP数据
PDF 参考手册
文本 自述
文本 新闻

细节

biocViews DifferentialExpressionFunctionalGenomicsGeneRegulation测序软件
版本 1.0.6
在Bioconductor BioC 3.10 (R-3.6)(< 6个月)
许可证 LGPL (>= 3)
取决于 R (>= 3.6.0),R.utilsDESeq2BiocParallel
进口 BiocGenericsdata.table(> = 1.11.8),GenomeInfoDbGenomicRanges、方法、S4VectorsSummarizedExperiment,统计,效用
链接
建议 knitrrmarkdowntestthatBiocStyleIHW
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/EMBL-Hentze-group/DEWSeq/
BugReports https://github.com/EMBL-Hentze-group/DEWSeq/issues
全靠我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 DEWSeq_1.0.6.tar.gz
Windows二进制 DEWSeq_1.0.6.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan) DEWSeq_1.0.6.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DEWSeq
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/DEWSeq
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/DEWSeq/
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  • 支持网站-询问有关Bioconductor封装的问题
  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网