部

DOI:10.18129 / B9.bioc.DEP

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见部．

蛋白质组学数据的差异富集分析

Bioconductor版本:3.10

该软件包提供了一个集成的分析工作流，用于差异蛋白表达或差异富集的质谱蛋白质组学数据的稳健和可重复分析。它需要由MaxQuant或IsobarQuant等原始质谱数据的定量分析软件生成的表格式输入(例如txt文件)。提供了数据准备、滤波、方差归一化和缺失值的imputation功能，以及差异富集/表达蛋白的统计检验功能。它还包括用于检查工作流中的中间步骤的工具，例如规范化和缺失值填充。最后，提供了可视化工具来探索结果，包括热图、火山图和barplot表示。对于在R方面经验有限的科学家来说，这个包还包含包含完整分析工作流和生成报告的包装器函数。更容易使用的是由软件包提供的交互式Shiny应用程序。

作者:Arne Smits [cre, aut]， Wolfgang Huber [aut]

维护者:Arne Smits < Smits。Arne在gmail.com>

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("DEP")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“部”)

超文本标记语言	R脚本	部:介绍
超文本标记语言	R脚本	DEP:缺失值处理
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataRepresentation，DifferentialExpression，ImmunoOncology，MassSpectrometry，蛋白质组学，软件
版本	1.8.0
在Bioconductor	BioC 3.6 (R-3.4)(2.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.5)
进口	ggplot2，dplyr，purrr，readr，宠物猫，tidyr，SummarizedExperiment(> = 1.11.5),MSnbase，limma，vsn，fdrtool，ggrepel，ComplexHeatmap，RColorBrewer，circlize，闪亮的，shinydashboard，DT，rmarkdown，为了，gridExtra，网格，统计，imputeLCMD，集群
链接
建议	testthat，enrichR，knitr，BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我	proDA，RforProteomics
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	DEP_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	DEP_1.8.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	DEP_1.8.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DEP
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/DEP
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/DEP/
软件包下载报告	下载数据