DEGreport

DOI:10.18129 / B9.bioc.DEGreport

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅DEGreport。

度分析的报告

Bioconductor版本:3.10

创建一个HTML报告的微分表达式分析统计数据。它集成了一些DESeq2和磨边机中提到的代码片段,并报告基因根据褶皱的排名列表为每个选定的基因变化意味着和可变性。

作者:曾淡水沼泽(aut (cre),约翰·哈钦森(施),维克多巴雷拉(施),玛丽Piper[所有],完婚Khetani[所有],肯尼斯日报[所有],Thanneer马来Perumal(施)Rory基什内尔(施),迈克尔·Steinbaugh(施)

维护人员:曾淡水沼泽<罗瑞拉。淡水沼泽gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“DEGreport”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“DEGreport”)

HTML	R脚本	RNA-seq QC和下游分析微分表达式
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	DifferentialExpression,GeneExpression,ImmunoOncology,RNASeq,ReportWriting,软件,可视化
版本	1.22.0
Bioconductor自	BioC 3.0 (r - 3.1)(5.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 3.5.0)
进口	跑龙套、方法Biobase,BiocGenerics,扫帚,circlize,ComplexHeatmap,cowplot,ConsensusClusterPlus,集群,DESeq2,dplyr,刨边机,ggplot2,ggdendro、网格ggrepelgrDevices,knitr,日志记录,lasso2,magrittr,Nozzle.R1,心理,RColorBrewer,重塑,rlang,尺度统计数据,stringr,S4Vectors,SummarizedExperiment,tidyr,宠物猫
链接
建议	BiocStyle,AnnotationDbi,limma,pheatmap,rmarkdown,statmod,testthat
SystemRequirements
增强了
URL	http://lpantano.github.io/DEGreport/
BugReports	https://github.com/lpantano/DEGreport/issues
取决于我
进口我	isomiRs
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	DEGreport_1.22.0.tar.gz
Windows二进制	DEGreport_1.22.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	DEGreport_1.22.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DEGreport
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ DEGreport
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/DEGreport/
包下载报告	下载数据