DEComplexDisease

DOI:10.18129 / B9.bioc.DEComplexDisease

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅DEComplexDisease。

差异表达分析的工具和基于度的调查由bi-clustering分析复杂疾病

Bioconductor版本:3.10

它的目的是找出差异表达基因(度)对于复杂的疾病,特点是异构的基因表达谱。不同于建立度分析工具,它并不承担复杂疾病的病人分享共同度。通过应用bi-clustering算法,DECD发现度共享的许多病人。这样,DECD描述了小说复杂疾病的度语法,例如一个基因列表由200年30%的基因差异表达研究复杂疾病。应用DECD分析结果,用户可以找到病人受到基于共享签名相同的机制。

作者:“孟

维护人员:“孟< menggf gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“DEComplexDisease”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“DEComplexDisease”)

PDF		DEComplexDisease: R方案分析
HTML	R脚本	DEComplexDisease: R方案分析
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	聚类,DNASeq,DifferentialExpression,FunctionalGenomics,GeneExpression,软件,WholeGenome
版本	1.6.0
Bioconductor自	BioC 3.7 (r - 3.5)(2年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.3.3)
进口	Rcpp(> = 0.12.7),DESeq2,刨边机,SummarizedExperiment,ComplexHeatmap、网格并行,BiocParallelgrDevices,图形、数据、方法、跑龙套
链接	Rcpp
建议	knitr
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	DEComplexDisease_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	DEComplexDisease_1.6.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	DEComplexDisease_1.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DEComplexDisease
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ DEComplexDisease
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/DEComplexDisease/
包下载报告	下载数据