CorMut

DOI:10.18129 / B9.bioc.CorMut

此包适用于Bioconductor的3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见CorMut．

根据选择压力检测相关突变

Bioconductor版本:3.10

CorMut提供了计算单个位点或特定氨基酸的kaks的函数，并检测它们之间的相关突变。提出了三种检测相关突变的方法，包括条件选择压力、互信息和Jaccard指数。计算包括两个步骤:首先，检测阳性选择位点;其次，计算阳性选择位点间的突变相关性。注意，第一步是可选的。同时，CorMut通过相关突变网络的方式方便了两种条件间相关突变的比较。引用序列应该是序列文件的第一个序列，不允许存在间隙。

作者:李振鹏

维护人员:李振鹏

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“CorMut”)

PDF	R脚本	CorMut
PDF		参考手册

细节

biocViews	测序，软件
版本	1.28.0
在Bioconductor公司	BioC 2.11 (R-2.15)(7.5年)
许可证	GPL-2
取决于	方法,seqinr，igraph
进口
链接
建议
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
给我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	CorMut_1.28.0.tar.gz
Windows二进制	CorMut_1.28.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	CorMut_1.28.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/CorMut
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/CorMut
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CorMut/
软件包下载报告	下载数据