此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本,请参见CoRegNet.
Bioconductor版本:3.10
这个包提供了识别活性转录程序的方法。提供了从转录组数据导入或推断大规模共调控网络的方法和类。编码网络的特异性在于模拟转录因子合作。可以整合外部调控证据(TFBS, ChIP,…)来评估推断的网络,并在必要时对其进行改进。网络中调控因子的转录活性可以通过测量它们在给定样本中的影响来估计。最后,可以使用交互式UI来浏览合作监管机构的网络,并将其在特定样本或子组样本中的活动可视化。所提出的可视化工具可用于整合基因表达、转录活性、拷贝数状态、样本分类和包括共调控信息的转录网络。
作者:Remy Nicolle, Thibault Venzac和Mohamed Elati
维护者:Remy Nicolle < Remy .c。Nicolle在gmail.com>
引文(从R内,输入引用(“CoRegNet”)
):
要安装这个包,启动R(版本“3.6”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("CoRegNet")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“CoRegNet”)
超文本标记语言 | R脚本 | 自定义打印方法 |
参考手册 |
biocViews | GeneExpression,GeneRegulation,GraphAndNetwork,网络,NetworkEnrichment,NetworkInference,软件,SystemsBiology,转录,可视化 |
版本 | 1.24.0 |
在Bioconductor | BioC 3.0 (R-3.1)(5.5年) |
许可证 | GPL-3 |
取决于 | R (>= 2.14),igraph,闪亮的,arules、方法 |
进口 | |
链接 | |
建议 | RColorBrewer,gplots,BiocStyle,knitr |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
全靠我 | |
进口我 | CoRegFlux |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
源包 | CoRegNet_1.24.0.tar.gz |
Windows二进制 | CoRegNet_1.24.0.zip |
Mac OS X 10.11 (El Capitan) | CoRegNet_1.24.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CoRegNet |
源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/CoRegNet |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/CoRegNet/ |
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