CluMSID

DOI:10.18129 / B9.bioc.CluMSID

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见CluMSID。

MS2谱聚类在代谢物鉴定中的应用

Bioconductor版本:3.10

clclsid是一种工具，通过使用MS2光谱相似性和无监督统计方法，帮助识别非靶向LC-MS/MS分析中的特征。它提供了从原始数据到可视化的完整的可定制工作流的功能，并且可以与xmcs预处理包系列进行接口。

作者:Tobias Depke [aut, cre]， Raimo Franke [ctb]， Mark Broenstrup [ths]

维护:Tobias Depke < Tobias . Depke at helmholtz-hzi.de>

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install(" clusid ")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“CluMSID”)

超文本标记语言	R脚本	clrumsid DI-MS/MS教程
超文本标记语言	R脚本	clrumsid GC-EI-MS教程
超文本标记语言	R脚本	clusid低分辨率教程
超文本标记语言	R脚本	clusid MTBLS教程
超文本标记语言	R脚本	CluMSID教程
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	聚类，代谢组学，预处理，软件
版本	1.2.1 "
在Bioconductor	BioC 3.9 (R-3.6)(1年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 3.6)
进口	mzR，S4Vectors，dbscan，RColorBrewer，猿，网络，GGally，ggplot2，情节，方法，utils，统计，系统网络体系结构(sna)， grDevices，图形，Biobase，gplots，MSnbase
链接
建议	knitr，rmarkdown，testthat，dplyr，readr，stringr，magrittr，CluMSIDdata，metaMS，metaMSdata，xcms
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/tdepke/CluMSID
BugReports	https://github.com/tdepke/CluMSID/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	CluMSID_1.2.1.tar.gz
Windows二进制	CluMSID_1.2.1.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	CluMSID_1.2.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CluMSID
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ clusid
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CluMSID/
软件包下载报告	下载数据