ChIPexoQual

DOI:10.18129 / B9.bioc.ChIPexoQual

此包适用于Bioconductor的3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见ChIPexoQual．

ChIPexoQual

Bioconductor版本:3.10

带有ChIP-exo/nexus数据的质量控制管道的包。

作者:Rene Welch, Dongjun Chung, Sunduz Keles

维护者:Rene Welch < Welch at stat.wisc.edu>

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“ChIPexoQual”)

超文本标记语言	R脚本	装饰图案的标题
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐，ChIPSeq，报道，质量控制，测序，软件，转录，可视化
版本	1.10.0
在Bioconductor公司	BioC 3.5 (R-3.4)(3年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (>= 3.4.0)，GenomicAlignments(> = 1.0.1)
进口	方法,跑龙套,GenomeInfoDb统计数据,BiocParallel，GenomicRanges(> = 1.14.4),ggplot2(> = 1.0),data.table(> = 1.9.6),Rsamtools(> = 1.16.1),IRanges(> = 1.6),S4Vectors(> = 0.8),biovizBase(> = 1.18),扫帚(> = 0.4),RColorBrewer(> = 1.1),dplyr(> = 0.5),尺度(> = 0.4.0),冬青(> = 0.3),hexbin(> = 1.27),rmarkdown
链接
建议	ChIPexoQualExample(> = 0.99.1),knitr(> = 1.10),BiocStyle，gridExtra(> = 2.2),testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https: github.com/keleslab/ChIPexoQual
BugReports	https://github.com/welch16/ChIPexoQual/issues
全靠我
进口我
建议我
给我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	ChIPexoQual_1.10.0.tar.gz
Windows二进制	ChIPexoQual_1.10.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	ChIPexoQual_1.10.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/ChIPexoQual
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ChIPexoQual
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ChIPexoQual/
软件包下载报告	下载数据