ChIPanalyser

DOI:10.18129 / B9.bioc.ChIPanalyser

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本,请参见ChIPanalyser

chipanalyzer:预测转录因子结合位点

Bioconductor版本:3.10

基于统计热力学框架,chipanalyzer试图生成类似ChIP-seq的剖面。该模型依赖于四个考虑因素:可以使用位置权重矩阵对TF结合位点进行评分,DNA可达性在转录因子结合中发挥作用,结合谱依赖于与DNA结合的转录因子的数量,最终需要调节结合能(描述PWM的另一种方式)或结合特异性(因此需要引入结合特异性调制器)。chipanalyzer的最终结果是模拟真实的ChIP-seq剖面,并在与真实的ChIP-seq数据进行比较后,提供这些预测剖面的精度测量。最终目标是产生类似ChIP-seq的剖面,预测类似ChIP-seq的剖面,以避免产生昂贵的ChIP-seq实验的需要。

作者:Patrick C.N.Martin和Nicolae Radu Zabet

维护者:Patrick C.N. Martin

引文(从R内,输入引用(“ChIPanalyser”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("ChIPanalyser")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“ChIPanalyser”)

PDF R脚本 ChIPanalyser用户指南
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 对齐BiologicalQuestionChIPSeqChipOnChip报道DataImportPeakDetectionSequenceMatching测序软件转录WorkflowStep
版本 1.8.0
在Bioconductor BioC 3.6 (R-3.4)(2.5年)
许可证 GPL-3
取决于 R (>= 3.5.0),GenomicRangesBiostringsBSgenomeRcppRoll、并行
进口 方法,IRangesS4Vectors, grDevices,图形,统计,utils,rtracklayerROCRBiocManagerGenomeInfoDb
链接
建议 BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3knitrRUnitBiocGenerics
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 ChIPanalyser_1.8.0.tar.gz
Windows二进制 ChIPanalyser_1.8.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan) ChIPanalyser_1.8.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ChIPanalyser
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ChIPanalyser
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/ChIPanalyser/
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