ChIPanalyser

DOI:10.18129 / B9.bioc.ChIPanalyser

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见ChIPanalyser．

chipanalyzer:预测转录因子结合位点

Bioconductor版本:3.10

基于统计热力学框架，chipanalyzer试图生成类似ChIP-seq的剖面。该模型依赖于四个考虑因素:可以使用位置权重矩阵对TF结合位点进行评分，DNA可达性在转录因子结合中发挥作用，结合谱依赖于与DNA结合的转录因子的数量，最终需要调节结合能(描述PWM的另一种方式)或结合特异性(因此需要引入结合特异性调制器)。chipanalyzer的最终结果是模拟真实的ChIP-seq剖面，并在与真实的ChIP-seq数据进行比较后，提供这些预测剖面的精度测量。最终目标是产生类似ChIP-seq的剖面，预测类似ChIP-seq的剖面，以避免产生昂贵的ChIP-seq实验的需要。

作者:Patrick C.N.Martin和Nicolae Radu Zabet

维护者:Patrick C.N. Martin

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("ChIPanalyser")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“ChIPanalyser”)

PDF	R脚本	ChIPanalyser用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐，BiologicalQuestion，ChIPSeq，ChipOnChip，报道，DataImport，PeakDetection，SequenceMatching，测序，软件，转录，WorkflowStep
版本	1.8.0
在Bioconductor	BioC 3.6 (R-3.4)(2.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.5.0)，GenomicRanges，Biostrings，BSgenome，RcppRoll、并行
进口	方法,IRanges，S4Vectors， grDevices，图形，统计，utils，rtracklayer，ROCR，BiocManager，GenomeInfoDb
链接
建议	BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3，knitr，RUnit，BiocGenerics
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	ChIPanalyser_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	ChIPanalyser_1.8.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	ChIPanalyser_1.8.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ChIPanalyser
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ChIPanalyser
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ChIPanalyser/
软件包下载报告	下载数据